连锁药店门店不从总部进货是否会被罚款，需分情况讨论，具体如下：
若连锁药店与门店之间存在明确的合同或协议约定进货渠道
根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。若总部与门店签订的加盟协议、合作合同或内部管理规定中明确约定“门店必须从总部统一进货”，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定（如《反垄断法》中关于垄断协议的限制），则门店违反约定擅自从其他渠道进货，构成违约。总部可依据合同约定追究门店的违约责任，包括但不限于要求赔偿损失、解除合同，甚至通过诉讼要求门店支付违约金。若合同中明确约定了“罚款”条款（如“违约需支付一定金额的罚款”），且该条款符合《民法典》中关于违约金的规定（即违约金需与实际损失相当，不得过高或过低），则门店可能需支付罚款。但需注意，若“罚款”条款被认定为“惩罚性违约金”且过高，法院可能根据实际损失调整金额。
若连锁药店与门店之间无明确合同约定，但总部通过内部制度强制要求统一进货
若总部未与门店签订书面合同，但通过内部规章制度（如《加盟手册》《运营管理规范》）要求门店必须从总部进货，且门店在加盟时已知悉并同意该制度，则该制度可能构成合同的一部分（根据《民法典》第四百九十条，未采用书面形式但一方已履行主要义务，对方接受时，合同成立）。此时，门店违反制度擅自进货，仍可能构成违约，总部可依据制度追究责任。但若内部制度未明确约定“罚款”或违约责任，总部无权直接对门店“罚款”，只能通过协商、解除合作或诉讼要求赔偿实际损失。
若门店行为涉及行政违法（如销售假药、劣药）
若门店不从总部进货是为了销售来源不明的药品，且该药品被认定为假药、劣药（根据《药品管理法》第九十八条），则门店可能面临行政处罚，包括但不限于：
若门店行为涉及不正当竞争或垄断
若总部通过强制统一进货限制门店与其他供应商交易，且总部在相关市场具有支配地位（根据《反垄断法》第二十二条），可能构成“滥用市场支配地位”的垄断行为。此时，门店可向市场监管部门举报，总部可能面临行政处罚（如没收违法所得、处上一年度销售额百分之一以上百分之十以下的罚款）。但门店本身不会因“不从总部进货”被罚款，反而可能因举报总部垄断行为获得法律保护。
建议：
如有进一步疑问，可直接向我咨询。