连锁药店未从总部进货，在特定情形下可能会被认定为非法渠道购进。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国药品管理法》的相关规定，药品上市许可持有人、药品生产企业、药品经营企业或者医疗机构应当从药品上市许可持有人或者具有药品生产、经营资格的企业购进药品。违反此规定，可能会被视为从非法渠道购进药品，并面临相应的法律责任。

2. 实际情况分析：

   • 如果连锁药店未从总部进货，而是从其他非正规渠道或个人手中购进药品，那么这种行为很可能被认定为非法渠道购进。因为这样做无法保证药品的来源合法、质量可靠，存在极大的安全隐患。
   • 然而，如果连锁药店能够证明其购进的药品来源合法，比如从其他具有药品生产、经营资格的企业购进，并且符合药品管理法的相关规定，那么就不会被认定为非法渠道购进。

3. 特殊情形：

   • 如同之前提到的案例，如果连锁药店因管理疏忽，将顾客的药品与店内药品混淆并售出，虽然结果上无法提供该药品的合法购进票据，但只要有证据证明药店并无从非法渠道购进药品的主观故意，且能说清楚药品的来源，那么就不应被认定为从非法渠道购进药品。

4. 法律建议：

   • 对于连锁药店来说，应当严格遵守药品管理法的相关规定，确保从正规渠道购进药品，并建立健全的药品购进、销售记录制度，以防范法律风险。
   • 如果连锁药店面临类似问题，建议及时咨询专业律师，以便更准确地了解自身法律状况，并采取合适的应对措施。

综上所述，连锁药店未从总部进货是否会被认定为非法渠道购进，取决于具体情况和证据。因此，药店应谨慎行事，确保合规经营。