若侵占林地部分被土地确权，可按以下方式处理：

1. 核查确权依据与程序合法性
   首先需核查土地确权的依据是否合法。根据《森林法》及《土地管理法》，林地确权需以合法权属证明（如林权证、土地承包合同）为基础，且需经过法定程序（如实地勘测、公示、登记）。若确权过程中存在程序违法（如未通知利害关系人、未公示）、依据错误（如将林地错误认定为耕地或建设用地），可向当地自然资源部门（原国土部门）或林业主管部门提出行政复议，要求撤销错误确权决定。

2. 通过行政诉讼纠正确权错误
   若行政复议未获支持，可向法院提起行政诉讼，请求撤销错误的确权登记。诉讼中需重点证明：

   • 确权行为违反法定程序（如未履行调查、公示义务）；
     
   • 确权依据与事实不符（如林地实际权属属于他人）；
     
   • 确权结果侵犯合法权益（如侵占方通过伪造材料获权）。
     根据《行政诉讼法》，法院将审查确权行为的合法性，若存在违法情形，可判决撤销或变更确权决定。

3. 主张侵权赔偿与林地返还
   若确权行为被撤销，可进一步追究侵占方的民事责任。根据《民法典》侵权责任编，侵占林地需承担：

   • 返还林地：恢复原状，交还林地使用权；
     
   • 赔偿损失：包括林地被侵占期间的收益损失（如林木生长收益、租金）、恢复费用（如清理侵占物、补种林木）等。
     若侵占行为构成犯罪（如非法占用农用地罪），还可向公安机关报案，追究刑事责任。

4. 预防性措施：提前固定证据
   在处理过程中，务必通过公证、拍照、录像等方式固定林地现状、权属证明（如林权证、承包合同）、侵占行为证据（如建筑、耕种痕迹）。若涉及第三方确权，可申请法院调取确权档案，核查确权程序是否合法。

行动建议：

• 立即向当地林业站或自然资源所提交书面异议，要求暂停确权效力；
  
• 委托律师协助收集证据、起草行政复议申请或行政诉讼材料；
  
• 若林地被严重破坏，可同步向公安机关报案，追究刑事责任。
  

如有进一步细节（如确权时间、侵占方式、林地用途），可提供更多信息以便针对性分析。