当您在耕地确权过程中发现土地被侵占时，为了有效维护自身的合法权益，您可以遵循以下详细步骤来处理这一问题：

一、立即且全面地收集证据

证据是维权的基础，您需要收集所有能证明您对土地拥有合法权益以及土地被侵占事实的证据。这包括但不限于：

• 土地权属证明：如土地承包经营权证、宅基地使用证等官方文件，这些文件是证明您土地权益的最直接证据。
• 土地现状证据：通过拍照、录像等方式，详细记录土地被侵占后的现状，包括边界、地上附着物、侵占部分的具体位置等，以便后续对比和证明。
• 证人证言：寻找邻居、村干部或其他目击者，获取他们的证言，以增强证据链的完整性和可信度。

二、尝试与侵占方进行友好协商

在掌握充分证据后，您可以尝试与侵占方进行友好协商。在协商过程中，保持冷静和理性，出示您的证据，明确表达您的诉求，即要求对方停止侵占并归还土地。通过协商，有时能够达成双方都能接受的解决方案，从而避免进一步的法律纠纷。

三、寻求基层组织的调解

如果协商未果，您可以向村委会、乡镇政府等基层组织提出调解申请。这些组织通常对当地情况比较了解，能够依据法律法规和实际情况提出合理的调解方案。在调解过程中，您需要配合调查，提供必要的证据和信息，并积极参与调解过程，以争取达成和解。

四、申请行政处理

如果基层组织调解无果，您可以向县级以上人民政府土地行政主管部门提出申请，要求对土地权属争议进行行政处理。在申请时，您需要提交详细的申请书及证据材料，行政部门将进行审查、调查，并作出处理决定。这一步骤是依法维护您土地权益的重要途径。

五、提起民事诉讼

如果您对行政处理结果不服，或者不愿意通过行政途径解决争议，您可以依法向人民法院提起民事诉讼。在提起诉讼前，您需要确定管辖法院，准备起诉状、证据清单等材料。在诉讼过程中，您需要陈述自己的观点，出示证据，并等待法院的判决。法院将依据双方提供的证据和相关法律法规进行审理，并作出公正判决。

六、申请强制执行（如必要）

如果法院判决侵占方归还土地，但对方拒不执行判决，您可以在规定期限内向法院申请强制执行。法院将采取相应措施，如查封、扣押、拍卖等，确保判决得到履行，从而恢复您对土地的合法权益。

七、注意事项与额外建议

• 在整个维权过程中，保持冷静和理性至关重要。避免采取过激行为或言语攻击，以免导致事态恶化。
• 密切关注相关法律法规和政策的变化，确保您的维权行动符合法律要求。
• 咨询专业律师以获取更具体的法律建议和诉讼策略。律师能够根据您的具体情况提供个性化的法律服务，帮助您更有效地维护自己的权益。

综上所述，面对耕地被侵占的问题，您应依法有序地采取行动，通过收集证据、协商调解、申请行政处理或提起民事诉讼等途径来维护自己的合法权益。希望这些建议能对您有所帮助。