结论：两个月工资发一个月来扣税是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若公司因特殊原因合并发放工资并依法代扣代缴个税，是合法的；但若公司以此方式逃避个税缴纳义务或违反最低工资标准等规定，则可能不合法。以下从不同角度详细分析：
一、合并发放工资的合法性基础
特殊原因下的合并发放：
- 根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，工资、薪金所得应按月计算个人所得税。然而，在实际操作中，如果公司因特殊原因（如财务结算延迟、系统故障等）导致两个月工资合并发放，且公司能够证明这种合并发放是暂时的、非故意的，并且已经按照税法规定代扣代缴了个人所得税，那么这种合并发放工资的行为是合法的。
依法代扣代缴个税：
- 公司在合并发放工资时，必须按照税法规定计算并代扣代缴个人所得税。这意味着，公司不能因为合并发放而减少或逃避个税的缴纳义务。如果公司能够做到这一点，那么合并发放工资的行为在税务方面是合法的。
二、可能存在的违法情形
逃避个税缴纳义务：
- 如果公司故意合并发放工资，以减少应纳税所得额或逃避个税缴纳义务，那么这种行为是违法的。税务机关有权对公司进行税务稽查，并要求公司补缴税款、滞纳金及罚款。
违反最低工资标准等规定：
- 合并发放工资时，公司还需确保员工的月工资收入不低于当地最低工资标准。如果合并后的月工资低于最低工资标准，那么公司可能违反了相关劳动法规，需要承担相应的法律责任。
三、员工权益保护建议
了解公司政策：
- 员工应了解公司的工资发放政策，包括是否允许合并发放工资、合并发放的原因及频率等。如果公司经常无故合并发放工资，员工有权向公司提出质疑并要求解释。
核对工资条及个税缴纳情况：
- 员工应仔细核对工资条，确保公司按照税法规定代扣代缴了个人所得税。如果发现公司存在少缴或未缴个税的情况，员工可以向税务机关举报或寻求法律援助。
维护自身权益：
- 如果员工认为公司的合并发放工资行为侵犯了其合法权益（如低于最低工资标准、未依法代扣代缴个税等），员工可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，以维护自身权益。
四、具体案例分析（假设性）
假设某公司因财务结算延迟，导致某两个月工资合并发放。公司在发放时，按照税法规定计算了应纳税所得额，并代扣代缴了个人所得税。同时，合并后的月工资收入不低于当地最低工资标准。在这种情况下，公司的合并发放工资行为是合法的。
总结：两个月工资发一个月来扣税是否合法，需根据具体情况判断。如果公司因特殊原因合并发放工资，并依法代扣代缴了个人所得税，且合并后的月工资收入不低于最低工资标准，那么这种行为是合法的。否则，可能构成违法。员工应了解公司政策，核对工资条及个税缴纳情况，并在必要时维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。