以房抵扣借款的协议，在符合法定条件的情况下，是合法有效的。以下从不同角度为你详细分析：

合法有效的情形

1. 双方真实意思表示：协议必须是双方基于真实意愿签订，不存在欺诈、胁迫等情形。例如，借款人因资金周转困难，主动提出以自有房产抵扣借款，出借人也同意这一安排，双方在平等、自愿的基础上签订协议，这样的协议就是合法有效的。
2. 不违反法律法规强制性规定：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。比如，协议中不能约定将违法建筑或存在权属争议的房产用于抵扣借款，否则该协议可能因违法而无效。
3. 房产产权清晰：用于抵扣借款的房产必须产权清晰，没有抵押、查封等限制交易的情况。如果房产已经设定了抵押权，那么在抵押权未解除之前，该房产的处置会受到限制，此时签订的以房抵扣借款协议可能无法顺利履行，甚至可能因侵犯抵押权人利益而无效。
4. 办理相关手续：对于房产的过户等手续，必须按照法律规定办理。例如，双方需要签订书面的房产转让合同，并到房地产管理部门办理过户登记手续。只有完成了这些法定手续，房产的所有权才能发生转移，以房抵扣借款的协议才能真正得到履行。

可能无效或存在风险的情形

1. 存在欺诈、胁迫等情形：如果一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意愿的情况下签订协议，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该协议。例如，出借人利用借款人的急需用钱的心理，威胁借款人如果不以房抵扣借款就不提供借款，借款人在被迫的情况下签订了协议，这种情况下协议是可以被撤销的。
2. 房产价值与借款金额严重失衡：如果房产的价值远远低于借款金额，且双方在签订协议时没有对此进行合理的说明或协商，那么该协议可能因显失公平而被撤销。比如，借款人向出借人借款10万元，却用价值仅5万元的房产来抵扣，且没有合理的理由，这样的协议就可能存在显失公平的情况。
3. 未履行通知义务（如涉及其他共有人）：如果房产存在其他共有人，借款人在签订以房抵扣借款协议时，未履行通知义务或未得到其他共有人的同意，那么该协议可能因侵犯其他共有人的权益而无效。例如，夫妻共同所有的房产，一方未经另一方同意，擅自将房产用于抵扣自己的个人借款，这样的协议就是无效的。

法律建议

1. 签订书面协议：为了确保协议的合法性和有效性，双方应当签订书面的以房抵扣借款协议，并明确约定房产的基本情况、借款金额、抵扣方式、过户时间等关键条款。
2. 咨询专业人士：在签订协议前，建议咨询专业的律师或房地产中介机构，了解相关法律法规和操作流程，确保协议内容合法合规。
3. 办理过户手续：协议签订后，双方应当及时到房地产管理部门办理房产过户登记手续，确保房产的所有权能够顺利转移。

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