核心结论：若刑事不受理挪用公司款项案件，诉讼时效的计算需分情况讨论，主要取决于案件是进入民事诉讼程序还是涉及其他法律救济途径，以下是具体分析：

1. 若考虑民事诉讼（如公司追究员工民事赔偿责任）
   诉讼时效通常为3年，自公司知道或应当知道权利被侵害之日起计算。例如，公司发现员工挪用款项后，若在3年内未提起民事诉讼，则可能丧失胜诉权。但需注意：

   • 若公司能证明在诉讼时效期间内曾向员工主张权利（如发函催讨），时效可中断并重新计算；
     
   • 若员工承诺还款或部分履行，时效也可能重新计算；
     
   • 最长保护期限为20年，自权利被侵害之日起算，但需有特殊理由（如公司长期不知情）。

2. 若涉及行政举报或内部处理
   若公司选择向劳动监察部门举报或通过内部纪律处分追究责任，行政处理或内部处分本身不直接产生诉讼时效中断效果，但若公司后续提起民事诉讼，需以民事诉讼时效规则为准。

3. 刑事不受理的特殊情形
   若案件因证据不足、金额未达刑事标准等原因未被刑事立案，公司仍可追究民事责任，此时诉讼时效计算规则与上述民事诉讼一致。刑事追诉时效与民事诉讼时效独立计算，刑事不受理不影响民事诉讼时效的进行。

关键提醒：

• 诉讼时效是法定权利存续期间，逾期将丧失胜诉权，但实体权利仍存在（如员工自愿履行，公司仍可接受）；
  
• 建议公司发现挪用行为后尽快固定证据（如财务记录、员工承认书等），并通过书面催告、律师函等方式中断时效；
  
• 若涉及复杂情况（如员工离职、金额争议等），可直接向我咨询具体时效计算及证据固定方案。