在刑事案件中，申请重新鉴定后，检察院是应当做书面回复的。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据与程序要求

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释的规定，在刑事诉讼过程中，当事人或者辩护人、诉讼代理人对鉴定意见有异议，申请重新鉴定的，有权机关（包括检察院）应当进行审查。如果认为有必要重新鉴定，会决定进行重新鉴定；如果认为没有必要，也应当以书面形式说明理由，并告知申请人。这一程序要求确保了当事人的申请权得到尊重，同时也保证了司法程序的透明度和公正性。

书面回复的重要性

1. 保障当事人权利：书面回复是检察院对当事人申请重新鉴定的一种正式回应，它明确了检察院的态度和决定，保障了当事人的知情权。当事人可以根据书面回复的内容，决定是否进一步采取法律措施，如申请复议或向法院提出异议等。

2. 维护司法公正：书面回复有助于确保司法程序的规范性和严肃性。它要求检察院在作出决定时，必须充分考虑当事人的申请和理由，进行充分的审查和判断。这有助于防止司法权的滥用和误用，维护司法公正和权威。

3. 便于监督与救济：书面回复为当事人提供了明确的救济途径。如果当事人对检察院的决定不服，可以根据书面回复的内容，依法向上一级检察院或法院提出申诉或复议。这有助于保障当事人的合法权益得到及时有效的救济。

实际操作中的注意事项

1. 及时提交申请：当事人或者辩护人、诉讼代理人应当在法定期限内及时提交重新鉴定的申请，并附上相关证据和理由。逾期提交的，可能会影响检察院的审查和决定。

2. 关注回复内容：当事人收到检察院的书面回复后，应当仔细阅读并理解回复的内容。如果对回复有异议或不明白的地方，可以及时向检察院提出询问或要求解释。

3. 依法采取救济措施：如果当事人对检察院的决定不服，可以根据书面回复的内容和法律规定，依法向上一级检察院或法院提出申诉或复议。在采取救济措施时，应当注意遵守法定程序和期限要求。

总结来说，在刑事案件中申请重新鉴定后，检察院是应当做书面回复的。这是保障当事人权利、维护司法公正和便于监督与救济的重要措施。如果你在刑事案件中遇到了相关问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。