结论：客户垫付了超期费并向你们索赔时，是否需要开票取决于多个因素，包括超期费的性质、双方合同约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：
超期费的性质：
- 如果超期费被视为一种服务费用或违约金，且该费用在你们的业务活动中属于应税项目，那么根据税收法规，你们应当向客户开具相应的发票。
- 如果超期费被视为一种赔偿或补偿，且不属于应税项目（例如，因你们的原因导致的延误而支付的赔偿），则可能不需要开具发票。但这种情况较为特殊，且需具体分析相关法律法规和税务部门的解释。
双方合同约定：
- 合同中可能明确规定了超期费的支付方式、是否需要开票以及开票的具体要求。如果合同中有明确约定，你们应当遵循合同约定执行。
- 如果合同中没有明确约定，你们可以与客户协商确定是否需要开票以及开票的具体细节。
相关法律法规的规定：
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》等相关法律法规，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。因此，如果超期费属于经营活动的应税项目，你们应当开具发票。
- 同时，你们也需要注意税务部门对于特定类型费用（如违约金、赔偿金等）的开票规定，以确保合规性。
法律建议：
- 审查合同：首先审查与客户签订的合同，查看是否有关于超期费支付和开票的具体约定。
- 咨询税务部门：如果合同中没有明确约定或存在疑问，建议咨询当地税务部门或专业税务顾问，以了解超期费是否需要开票以及开票的具体要求。
- 与客户沟通：在明确开票要求后，与客户进行沟通，确保双方对开票事宜达成一致意见。
- 合规操作：无论是否需要开票，都应确保操作合规，避免因税务问题引发纠纷或法律风险。
可能的法律后果：
- 如果应当开票而未开票，可能面临税务部门的处罚，包括罚款、滞纳金等。
- 如果因开票问题与客户产生纠纷，可能影响双方合作关系，甚至引发法律诉讼。
因此，在处理客户垫付超期费并索赔的情况时，建议你们谨慎对待开票问题，确保合规操作并维护良好的客户关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。