自收自支事业单位对职工罚款是否违法需分情况讨论，核心判断依据是罚款的合法性来源及程序合规性，具体分析如下：

1. 若罚款无明确法律依据或单位规章制度支撑，则违法
   根据《劳动合同法》第四条及《行政处罚法》相关规定，用人单位（包括事业单位）对劳动者进行罚款，必须满足两个条件：

   • 制度依据合法：罚款需通过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），且内容不得违反法律强制性规定（如不得超过月工资20%）；
     
   • 权限来源合法：事业单位本身无行政处罚权，若以“内部管理”名义罚款，需以《事业单位人事管理条例》等授权性规范为依据，且仅限于“扣减绩效工资”等非罚款性质的经济处分。
     典型违法情形：单位随意以“迟到”“未完成业绩”等理由直接扣款，且未在劳动合同或规章制度中明确约定，属于克扣工资，劳动者可依据《工资支付暂行规定》要求补发并主张赔偿。

2. 若罚款基于合法有效的规章制度且程序合规，则可能合法
   自收自支事业单位虽具有一定经营自主权，但仍需遵守《事业单位工作人员处分暂行规定》等规范。若单位通过以下程序实施经济处分，可能被认定为合法：

   • 制度制定程序合法：罚款条款经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定；
     
   • 内容不违反上位法：如罚款金额不超过当地规定的比例（如部分地区规定单次罚款不得超过月工资5%）；
     
   • 履行告知义务：处分前向劳动者说明事实、理由及依据，并听取其陈述申辩。
     例外情形：若单位以罚款替代正常管理（如将本应通过培训、调岗解决的问题直接罚款），仍可能被认定为违法。

3. 特殊情形：事业单位的“罚款”可能被认定为“绩效扣减”
   自收自支事业单位的工资结构通常包含“基本工资+绩效工资”，若单位将罚款转化为“绩效工资扣减”（如因工作失误扣减当月绩效），且符合以下条件，则不属于违法罚款：

   • 劳动合同或规章制度中明确约定绩效工资的扣减规则；
     
   • 扣减金额与工作失误的严重程度、损失大小成比例；
     
   • 扣减后劳动者实发工资不低于当地最低工资标准。

建议行动：若您所在单位实施罚款，可要求单位出示书面依据（如规章制度条款、劳动合同约定），并核对其合法性；若认为罚款违法，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张补发工资及赔偿。如有进一步细节需分析，可直接向我咨询。