若施工合同中未对专用合同条款进行约定，这主要违反了《中华人民共和国民法典》中关于合同订立与履行的相关规定，以及可能涉及特定行业或地区对于施工合同的具体规范要求。以下从不同角度进行详细分析：
一、违反《中华人民共和国民法典》的相关规定
合同订立的基本要求：
- 根据《民法典》第四百七十条，合同的内容由当事人约定，一般包括当事人的姓名或者名称和住所、标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、地点和方式、违约责任、解决争议的方法等条款。虽然专用合同条款并非法律强制要求必须包含的所有条款，但它是合同双方根据具体交易情况，对通用合同条款进行补充、细化或修改的部分，对于明确双方权利义务、避免争议具有重要意义。
- 若未对专用合同条款进行约定，可能导致合同内容不够明确、具体，从而影响合同的履行和争议解决。
合同履行的原则：
- 《民法典》第五百零九条规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。若合同中未对专用合同条款进行约定，则双方在履行合同过程中可能因缺乏明确依据而产生争议，违反了全面履行的原则。
二、可能违反特定行业或地区的规范要求
行业规范：
- 在建设工程领域，可能存在行业自律组织或主管部门制定的规范或标准，要求施工合同必须包含某些专用条款，如工程质量标准、安全施工措施、工程变更处理程序等。若未遵守这些规范要求，可能面临行业处罚或影响工程验收等后果。
地区性法规：
- 某些地区可能根据当地实际情况，制定了关于施工合同管理的具体法规或规章，对合同条款的约定提出特定要求。若未遵守这些地区性法规，可能面临行政处罚或合同无效等法律风险。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 在签订施工合同时，双方应充分协商，明确约定专用合同条款，以确保合同内容完整、明确，避免后续争议。
- 若已签订的施工合同中未约定专用合同条款，双方可通过补充协议的方式对合同内容进行完善，明确双方权利义务。
可能的法律后果：
- 若因未约定专用合同条款而导致合同履行过程中产生争议，双方可能需通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议，增加解决成本和时间成本。
- 在极端情况下，若未约定的专用合同条款涉及合同的核心要素或违反法律强制性规定，可能导致合同部分或全部无效，影响双方权益。
综上所述，未对施工合同专用合同条款进行约定，主要违反了《中华人民共和国民法典》中关于合同订立与履行的相关规定，以及可能涉及特定行业或地区对于施工合同的具体规范要求。为避免潜在的法律风险和争议，建议双方在签订施工合同时充分协商并明确约定专用合同条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。