针对您提出的“工程有问题是否可以验收”以及“工程款是否在验收合格后结清”这两个问题，我将分别进行解答：
工程有问题是否可以验收
一般原则：
- 通常情况下，如果工程存在质量问题，是不应进行验收的。验收的目的是确认工程是否符合合同约定的质量标准、设计要求以及相关法律法规的规定。如果工程存在问题，验收通过将意味着发包方接受了存在瑕疵的工程，这可能对后续的使用、安全以及维护带来隐患。
特殊情况：
- 如果工程存在的问题是轻微的、非结构性的，且不影响整体使用功能和安全，同时双方能够就修复方案和费用达成一致，那么在某些情况下，可能会考虑进行有条件的验收。但这种情况需要双方明确约定，并在验收文件中详细记录存在的问题、修复责任以及修复期限等。
法律后果：
- 如果未经修复即进行验收，且后续工程出现问题，承包方可能因已验收而免除部分或全部责任，这将对发包方不利。因此，在工程存在问题时，应谨慎对待验收问题，确保工程质量符合要求后再进行验收。
工程款是否在验收合格后结清
合同约定优先：
- 工程款的支付时间和条件通常会在施工合同中明确约定。如果合同中明确规定工程款在验收合格后结清，那么双方应遵守这一约定。验收合格是支付工程款的前提条件之一。
无约定或约定不明时的处理：
- 如果合同中没有明确约定工程款的支付时间和条件，或者约定不明，那么根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规的规定，发包方应在收到竣工结算文件后的一定期限内（如28天）进行审核，并支付工程款。如果发包方逾期不支付，承包方有权要求其支付并可能主张逾期利息或违约金。
验收合格与工程款支付的关系：
- 验收合格是工程款支付的重要条件之一，但并非唯一条件。除了验收合格外，还可能涉及其他条件，如提交完整的竣工资料、提供发票等。因此，在验收合格后，承包方还应确保满足其他支付条件，以便及时获得工程款。
实际操作建议：
- 在签订施工合同时，双方应明确约定工程款的支付时间和条件，包括验收合格后的支付比例、支付时间以及逾期支付的违约责任等。这有助于减少后续纠纷的发生。
- 在验收过程中，双方应认真记录验收情况，包括存在的问题、修复责任以及修复期限等。这有助于确保工程质量符合要求，并为后续工程款的支付提供依据。
总结与建议：
- 对于工程有问题是否可以验收的问题，应谨慎对待，确保工程质量符合要求后再进行验收。如果存在问题且双方无法就修复方案达成一致，应考虑暂缓验收或进行有条件的验收。
- 对于工程款是否在验收合格后结清的问题，应首先查看施工合同中的约定。如果合同中有明确约定，则遵守约定；如果无约定或约定不明，则根据相关法律法规的规定处理。同时，在签订合同时应明确约定工程款的支付时间和条件，以减少后续纠纷的发生。
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