在机动车与非机动车的交通事故中，若机动车承担次要责任、非机动车承担主要责任，且交强险的赔偿限额不足以覆盖全部损失时，可以按照以下步骤处理：

1. 交强险优先赔付
   根据《机动车交通事故责任强制保险条例》，交强险的赔偿不区分责任比例，只要机动车一方有责任（无论主次），保险公司就应在交强险限额内全额赔偿。具体限额为：

• 死亡伤残赔偿限额：18万元；
• 医疗费用赔偿限额：1.8万元；
• 财产损失赔偿限额：0.2万元。

若损失未超过上述限额，交强险将全额赔付，无需考虑责任比例。

1. 超出交强险限额的部分，按责任比例分担
   若损失超过交强险限额，超出部分需根据事故责任比例分担。根据《道路交通安全法》及相关司法解释，机动车与非机动车之间的责任划分通常遵循以下原则：

• 非机动车一方承担主要责任的，可减轻机动车一方的赔偿责任，一般机动车一方承担不超过40%的责任（具体比例需结合事故细节，如非机动车是否存在故意碰撞等情形）。
• 例如：若总损失为20万元，交强险赔付18万元后，剩余2万元由机动车一方承担40%（即0.8万元），非机动车一方承担60%（即1.2万元）。

1. 机动车一方可主张商业险赔付（如有）
   若机动车购买了商业第三者责任险，超出交强险限额且需机动车一方承担的部分，可由商业险在保额范围内赔付。商业险的赔付比例通常与事故责任比例一致，但需注意免赔条款（如超载、酒驾等可能影响赔付）。

2. 非机动车一方的损失自担
   非机动车一方作为主要责任方，其自身损失（如医疗费、误工费等）超出交强险无责赔付限额（若适用）的部分，需自行承担。若非机动车一方购买了意外险等商业保险，可依据保险合同主张赔付。

温馨提示：

• 事故发生后，建议立即报警并保留现场证据（如照片、视频、证人联系方式等），以便后续责任认定。
• 若对责任划分或赔偿金额有争议，可申请交警部门调解或通过诉讼解决。
• 如有进一步疑问，欢迎随时向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。