结论：员工签署仲裁调解书并拿到赔偿金后不愿意撤诉，这一行为在法律上并不直接导致调解书无效或仲裁程序必须终止，但可能引发一系列法律后果和程序问题，具体需分情况讨论。
分析：
仲裁调解书的法律效力：
- 仲裁调解书是双方当事人在仲裁过程中，经过协商达成的具有法律效力的文书。一旦签署，即表示双方对调解内容达成一致，并愿意遵守。
- 调解书具有强制执行力，如果一方不履行，另一方可以向人民法院申请强制执行。
员工不愿意撤诉的可能情况：
- 误解或信息不全：员工可能对调解书的内容或法律后果存在误解，或者认为撤诉会对其权益产生不利影响。
- 对调解结果不满：尽管签署了调解书，但员工可能内心对调解结果并不满意，因此不愿意撤诉。
- 策略性考虑：员工可能出于某种策略性考虑，如希望通过继续仲裁程序获取更多利益或施加压力。
不愿意撤诉的法律后果：
- 调解书仍有效：员工不愿意撤诉并不影响调解书的法律效力。调解书一旦签署，即对双方具有约束力。
- 仲裁程序可能继续：如果员工不愿意撤诉，仲裁庭可能会继续审理案件，但通常会考虑调解书的内容，并可能基于调解书作出裁决。
- 可能面临法律责任：如果员工在签署调解书后违反其内容，如不履行赔偿义务，另一方可以申请强制执行，员工可能面临法律责任。
建议与措施：
- 沟通解释：首先，建议与员工进行沟通，解释调解书的法律效力和撤诉的法律后果，消除其误解或疑虑。
- 寻求法律帮助：如果员工仍然不愿意撤诉，建议咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的法律后果，以便制定合适的应对策略。
- 考虑仲裁庭意见：在仲裁过程中，可以积极与仲裁庭沟通，说明情况，并寻求仲裁庭的意见和指导。
特殊情况讨论：
- 如果调解书存在瑕疵或违法：如果调解书的内容存在瑕疵或违反法律法规，员工可以通过法律途径申请撤销或变更调解书。但这种情况下，员工需要提供充分的证据证明调解书存在问题。
- 如果员工提出新的诉求：如果员工在签署调解书后提出新的诉求，且这些诉求与调解书的内容无关或无法通过调解书解决，员工可以通过另行提起仲裁或诉讼的方式维护自己的权益。但这种情况下，员工需要明确其诉求与调解书的关系，并避免重复主张权利。
总结与提醒：
员工签署仲裁调解书并拿到赔偿金后不愿意撤诉，是一个涉及法律程序和实体权利的问题。建议双方首先通过沟通解释来解决问题，如果无法达成一致，可以寻求专业律师的帮助，了解具体的法律程序和可能的法律后果。同时，提醒双方在处理此类问题时，应遵守法律法规和仲裁程序的规定，尊重对方的权益和仲裁庭的裁决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。