针对您提出的问题，即分公司负责人已经离职但公司未进行工商变更的情况，我首先明确结论：公司应当尽快办理分公司负责人的工商变更登记手续，以避免潜在的法律风险和不利后果。
法律背景与风险分析
工商变更登记的重要性：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司应当对其分支机构的负责人进行工商登记，并确保登记信息的真实、准确和完整。分公司负责人的变更，同样需要进行工商变更登记，这是公司合规运营的基本要求。
未进行工商变更的法律风险：
- 行政处罚风险：若公司未及时办理工商变更登记，可能面临工商行政管理部门的行政处罚，如罚款、警告等。
- 民事责任风险：在分公司负责人已离职但未变更登记的情况下，若该负责人仍以分公司名义对外从事民事活动，可能引发表见代理等法律问题，导致公司承担不必要的民事责任。
- 信誉损害风险：未及时办理工商变更登记可能影响公司的商业信誉和形象，对公司的业务发展产生不利影响。
法律建议与操作步骤
立即启动变更程序：
- 公司应尽快召开相关会议，决定新的分公司负责人，并准备相关变更登记所需材料，如变更决议、新负责人的身份证明等。
提交变更申请：
- 公司应向工商行政管理部门提交分公司负责人的变更登记申请，并附上相关证明材料。在提交申请时，应确保所有材料的真实、准确和完整。
关注变更进度：
- 在提交变更申请后，公司应关注变更进度，及时与工商行政管理部门沟通，确保变更登记手续能够顺利完成。
内部管理完善：
- 公司应完善内部管理制度，明确分公司负责人的任免程序和工商变更登记流程，确保未来类似情况能够得到及时、有效的处理。
特殊情况处理
若原负责人不配合：
- 若原分公司负责人不配合办理变更登记手续，公司可以通过法律途径解决，如向法院提起诉讼，要求原负责人履行协助办理变更登记的义务。
若变更过程中遇到障碍：
- 若在办理变更登记过程中遇到障碍，如工商行政管理部门要求提供额外材料或拒绝办理变更登记等，公司应及时咨询专业律师，了解具体原因并寻求解决方案。
总之，分公司负责人离职后，公司应尽快办理工商变更登记手续，以避免潜在的法律风险和不利后果。若您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。