结论：员工自离时，对于其已经提供的劳动，公司仍有义务支付工资。工资的结算需严格遵循相关法律法规，确保用人单位与劳动者的双方权益得到合理保障。
一、工资计算与结算标准
按实际工作天数计算：
- 用人单位应根据员工实际出勤的天数来计算工资。通常，月工资除以月计薪天数（21.75天）得出日工资，再乘以实际出勤天数。例如，若月工资为5000元，实际出勤15天，则工资为：\(5000 \div 21.75 \times 15 \approx 3448.28\)（元）。
- 对于计件工资的员工，则根据其实际完成的工作量和计件单价来计算。
包括各项应得收入：
- 工资计算应全面涵盖基本工资、绩效工资（如适用）、加班工资、奖金、津贴等各项应得收入。不得随意降低工资计算标准或克扣。
结算时间：
- 用人单位应在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资。即使员工是自离，也需在完成工作交接或确定实际工作情况后及时结算。若此前约定的发薪日前决定离职，可能需依据劳动合同或公司规章制度执行，但不得违反法律关于一次性付清的规定。
二、特殊情况处理与扣除项目
未办理离职手续：
- 员工自离虽属擅自离岗，但用人单位仍应按法律规定结算工资。用人单位可要求员工回来办理离职手续，完成工作交接。若员工拒绝，用人单位应书面通知相关后果并保留证据。
经济损失赔偿：
- 若员工自离给用人单位造成直接经济损失，如未完成工作导致的额外费用、损坏公司财物等，用人单位有权要求赔偿。赔偿金额需有充分证据支持，且每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 计算公式：若员工月工资为W元，当月可扣除的最大赔偿金额为\(W \times 20\%\)，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准M元。即，若\(W - \text{赔偿金额} \geq M\)，则赔偿金额最多为\(W \times 20\%\)；若\(W - \text{赔偿金额} < M\)，则赔偿金额需调整至满足\(W - \text{赔偿金额} = M\)。
其他扣除项目：
- 若员工有未归还的公司财物、借款等，用人单位可依据相关规定进行相应扣除，但需确保合法合规。
三、法律保障与注意事项
遵守法律法规：
- 用人单位在结算自离员工工资时，必须严格遵守《中华人民共和国劳动合同法》、《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。
员工权益维护：
- 员工在离职前应尽可能提交书面辞职申请并办理离职手续，以便公司顺利进行工资结算和社保账户转移。若员工认为工资结算存在不合理之处，可通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等合法途径维护自身权益。
四、实际案例与法律建议
实际案例：假设某员工月工资为6000元，实际出勤20天，自离后未办理离职手续。公司应按照实际出勤天数计算工资，即\(6000 \div 21.75 \times 20 \approx 5517.24\)（元），并在解除或终止劳动合同时一次性付清。若该员工自离给公司造成了2000元的直接经济损失，且公司有充分证据支持，则公司可从该员工工资中扣除最多\(6000 \times 20\% = 1200\)（元）作为赔偿，剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
法律建议：对于员工而言，自离前应与公司沟通协商，尽量按照法定程序和公司规定办理离职手续，以避免不必要的纠纷。对于公司而言，应完善内部规章制度，明确自离情况下的工资支付和赔偿规定，并确保这些规定合法合规。
综上所述，自动离职后的工资结算是一个涉及多个法律知识点的复杂问题。通过明确工资计算标准、结算时间、扣除项目以及注意事项，可以有效保障双方的合法权益，避免不必要的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。