结论前置：辞职后，三方协议中关于毕业生与用人单位的权利义务部分通常失效，但协议中涉及学校与用人单位的其他约定可能仍然有效。毕业生在处理离职事宜时，应主要依据劳动合同，并注意三方协议中可能存在的特别约定。
三方协议的性质与目的
三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中权利和义务的书面表现形式。它旨在保障毕业生顺利从学校过渡到职场，规范就业过程中的各项事宜，同时保护毕业生的就业权益，并规范用人单位和学校的行为。
辞职对三方协议效力的影响
对毕业生与用人单位部分：
- 辞职是劳动者与用人单位之间劳动关系的解除。一旦辞职，原三方协议中涉及毕业生与用人单位的部分，如服务期限、工作内容、薪酬待遇等，因劳动关系的解除而失去效力。
- 如果三方协议中有关于违约金或其他相关条款的约定，且这些约定与劳动合同中的条款不冲突，毕业生在离职时理论上可能需要按照这些约定来处理。但通常情况下，这些条款在入职后，随着劳动合同的签订，其效力会被劳动合同所取代或覆盖，因此辞职后不再适用。
对学校与用人单位部分：
- 三方协议中可能还包含学校与用人单位之间的其他约定，如合作培养、实习基地建设、科研合作等。这些部分不因毕业生的辞职而失效，除非协议中有特别约定或相关合作项目已自然终止。
辞职后的处理建议
依据劳动合同处理离职事宜：
- 辞职后，毕业生应主要依据与用人单位签订的劳动合同来处理相关事宜，如离职手续、工资结算、经济补偿等。劳动合同是规范毕业生与用人单位之间劳动关系的主要法律文件。
无需特别解除三方协议：
- 由于三方协议在入职后，特别是随着劳动合同的签订，其关于毕业生与用人单位的部分已经失去主要效力，因此辞职后无需特别去解除这个协议。但毕业生应检查协议中是否有需要特别处理的条款，如保密义务、竞业限制等，如果这些条款在劳动合同中也有约定，则应按照劳动合同的约定执行。
注意保留证据：
- 在处理离职事宜时，毕业生应保留好相关证据，如离职证明、工资单、劳动合同、三方协议等，以备不时之需。这些证据在后续可能涉及的劳动争议中具有重要的证明作用。
关注三方协议中的特别约定：
- 如果三方协议中有关于毕业生辞职后的特别约定，如需要支付违约金、需要提前通知等，毕业生应仔细阅读并遵守这些约定。如果对这些约定有疑问或不解，可以及时向用人单位或学校咨询，以避免不必要的法律纠纷。
作为郑炜轩律师，我建议毕业生在辞职前仔细阅读三方协议和劳动合同中的相关条款，了解自己的权利和义务。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。