结论：公司通过劳务派遣方式发放工资是否合法，需根据具体情况判断，主要看劳务派遣公司是否具备合法资质、派遣行为是否符合法律规定以及工资发放是否符合约定和法律规定。
分析：
劳务派遣公司的资质：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十七条，经营劳务派遣业务应当具备下列条件：（一）注册资本不得少于人民币二百万元；（二）有与开展业务相适应的固定的经营场所和设施；（三）有符合法律、行政法规规定的劳务派遣管理制度；（四）法律、行政法规规定的其他条件。经营劳务派遣业务，应当向劳动行政部门依法申请行政许可；经许可的，依法办理相应的公司登记。未经许可，任何单位和个人不得经营劳务派遣业务。
- 如果劳务派遣公司不具备上述资质，那么其与公司之间的劳务派遣协议可能无效，进而影响到工资发放的合法性。
劳务派遣的合法性：
- 劳务派遣通常适用于临时性、辅助性或者替代性的工作岗位。如果公司长期将核心业务岗位通过劳务派遣方式用工，可能违反法律规定。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第六十六条，劳动合同用工是我国的企业基本用工形式。劳务派遣用工是补充形式，只能在临时性、辅助性或者替代性的工作岗位上实施。前款规定的临时性工作岗位是指存续时间不超过六个月的岗位；辅助性工作岗位是指为主营业务岗位提供服务的非主营业务岗位；替代性工作岗位是指用工单位的劳动者因脱产学习、休假等原因无法工作的一定期间内，可以由其他劳动者替代工作的岗位。用工单位应当严格控制劳务派遣用工数量，不得超过其用工总量的一定比例，具体比例由国务院劳动行政部门规定。
工资发放的合法性：
- 即使劳务派遣合法，工资发放也需符合约定和法律规定。劳务派遣公司应当按照与劳动者签订的劳动合同以及与公司之间的劳务派遣协议，按时足额支付劳动者工资。
- 如果劳务派遣公司未按时足额支付工资，劳动者有权向劳务派遣公司或公司主张权利，要求支付工资及可能的经济补偿。
建议：
- 对于公司：应确保与具备合法资质的劳务派遣公司合作，并严格遵守劳务派遣的法律规定，避免将核心业务岗位通过劳务派遣方式用工。同时，应监督劳务派遣公司按时足额支付劳动者工资。
- 对于劳动者：如果发现公司通过不合法的劳务派遣方式发放工资，或者劳务派遣公司未按时足额支付工资，可以向当地劳动行政部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果公司或劳务派遣公司违反法律规定，可能面临劳动行政部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
- 劳动者有权要求公司或劳务派遣公司支付拖欠的工资及经济补偿，并可能通过法律途径追究其法律责任。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。