合同被认定无效，并不必然导致合同中的仲裁条款无效。仲裁条款具有独立性，其效力通常不受合同整体有效性的影响。以下从多个角度为你详细分析：
一、仲裁条款的独立性原则
根据《中华人民共和国仲裁法》第十九条的规定：“仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。”这一规定确立了仲裁条款的独立性原则。即，仲裁条款是当事人就解决争议的方式达成的独立于合同其他内容的合意，其效力不依赖于合同的整体有效性。因此，即使合同被认定无效，仲裁条款仍然可能保持有效。
二、仲裁条款有效的情形
主合同无效但仲裁条款有效：当主合同因违反法律、行政法规的强制性规定等原因被认定为无效时，如果仲裁条款本身不存在无效的情形（如双方无民事行为能力、意思表示不真实等），则仲裁条款仍然有效。此时，双方当事人仍应按照仲裁条款的约定，将争议提交仲裁机构进行裁决。
仲裁条款符合法定形式要件：仲裁条款需要满足法定的形式要件，如书面形式、明确的仲裁事项和选定的仲裁委员会等。只要仲裁条款符合这些要求，即使主合同无效，仲裁条款也可能被视为有效。
三、仲裁条款可能无效的情形
仲裁条款本身违法或违背公序良俗：如果仲裁条款的内容违反了法律的强制性规定或违背了公序良俗，那么该仲裁条款将被视为无效。例如，仲裁条款中约定的仲裁程序严重违反法定程序，或者仲裁结果显失公平等。
仲裁条款未达成或不明确：如果双方在合同中未就仲裁事项达成一致意见，或者仲裁条款表述模糊、不明确，导致无法确定具体的仲裁机构和仲裁规则等，那么该仲裁条款也可能被视为无效。
四、实践中的考量因素
当事人意思自治：在判断仲裁条款是否有效时，应充分尊重当事人的意思自治。如果双方当事人在合同中明确约定了仲裁条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么应认定该仲裁条款有效。
仲裁机构的确认：在某些情况下，仲裁机构可能会对仲裁条款的有效性进行确认。如果仲裁机构认为仲裁条款有效，并且双方当事人都同意按照仲裁条款的约定进行仲裁，那么即使主合同无效，仲裁程序也可以继续进行。
五、举例说明
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，并约定了仲裁条款。后因合同内容违反了法律的强制性规定，该买卖合同被法院认定无效。但在此情况下，如果仲裁条款本身独立且合法，未受合同无效影响，且双方仍有通过仲裁解决争议的意愿，那么甲乙双方之间的仲裁协议仍然有效，可以依据该协议向约定的仲裁机构申请仲裁。
总结与建议：
合同被认定无效时，仲裁条款的效力并非一概而论，而是需根据具体情况判断。如果仲裁条款本身独立、合法，且双方有真实的仲裁意愿，那么该仲裁条款在合同无效时仍可能有效。因此，在面临合同无效与仲裁条款有效性问题时，建议你仔细审查合同中的仲裁条款，并考虑其独立性、合法性以及双方的真实意愿等因素。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。