结论前置：乙方在代购设备合同中收取甲方百分之三十的违约金是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 违约金合法性的基本判断：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。因此，合同中约定违约金本身是合法的。

2. 违约金数额的合理性：

   • 虽然合同可以约定违约金，但违约金的数额应当合理，不得过分高于或低于实际损失。如果乙方收取的百分之三十违约金明显高于甲方可能因乙方违约而遭受的实际损失，那么该违约金条款可能被视为“过分高于造成的损失”，从而面临被法院或仲裁机构调整的风险。
   • 具体判断标准：通常，法院或仲裁机构在判断违约金是否过高时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、预期利益等多项因素。如果违约金数额超过了实际损失的30%，一般可以认定为“过分高于造成的损失”。但这并非绝对标准，具体还需根据案件情况判断。

3. 合同自由与公平原则：

   • 合同是双方自愿达成的协议，应当尊重双方的合同自由。然而，合同自由并非无限制的，它必须受到公平原则的制约。如果乙方利用甲方对合同条款的不了解或处于优势地位，约定了明显不公平的违约金条款，那么该条款可能因违反公平原则而被认定为无效或可撤销。

4. 实际操作建议：

   • 对于甲方：在签订代购设备合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于违约金的约定。如果认为违约金数额过高或不合理，可以与乙方进行协商，争取降低违约金数额或约定更合理的损失赔偿计算方法。
   • 对于乙方：在约定违约金时，应确保违约金数额合理且符合公平原则。避免利用甲方的不了解或优势地位约定过高的违约金，以免引发不必要的法律纠纷。

总结与进一步思考：乙方在代购设备合同中收取甲方百分之三十的违约金是否合法，取决于违约金数额是否合理、是否违反公平原则以及是否过分高于实际损失。在签订合同时，双方应充分协商并明确约定违约金条款，以确保合同的合法性和有效性。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。