结论：公司规定加班超过一小时的部分是否算加班，这主要取决于公司的具体规章制度以及是否符合国家法律法规的相关规定。一般情况下，如果公司规章制度明确规定了加班的计算方式，并且该规定不违反国家法律法规，那么应按照公司规定执行；但如果公司规定与国家法律法规相悖，则应以国家法律法规为准。

分析说明：

1. 公司规章制度的角度：

   • 公司有权根据自身的经营需要和管理要求，制定加班的相关规章制度。这些规章制度通常会明确加班的定义、计算方式、加班工资的支付标准等。
   • 如果公司规章制度中明确规定了“加班超过一小时的部分才算加班”，并且这一规定在制定过程中已经充分征求了员工的意见，且不违反国家法律法规的强制性规定，那么这一规定是有效的，员工应遵守。

2. 国家法律法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者在正常工作时间之外提供劳动的，应视为加班，用人单位应支付相应的加班工资。
   • 法律法规并未明确规定加班必须达到多少小时才算加班，而是强调了“正常工作时间之外”这一核心要素。因此，从法律法规的角度来看，只要劳动者在正常工作时间之外提供了劳动，无论时间长短，都应视为加班。
   • 如果公司规章制度中的加班计算方式与国家法律法规相悖，例如规定“加班必须超过两小时才算加班”，那么这一规定是无效的，员工有权要求公司按照国家法律法规的规定支付加班工资。

特殊场景：

• 在实际操作中，有些公司可能会采用“加班调休”的方式，即员工加班后可以选择调休而不是直接领取加班工资。这种情况下，公司规章制度中关于加班调休的规定也应符合国家法律法规的相关要求。
• 另外，如果公司规章制度中的加班计算方式存在模糊不清或容易引起歧义的情况，员工有权要求公司进行明确解释或修改，以确保自身权益不受侵害。

行动建议：

• 对于员工：如果对公司关于加班的规定有疑问或不满，建议首先查阅公司的规章制度，了解加班的具体计算方式和加班工资的支付标准。如果认为公司规定违反了国家法律法规或侵犯了自身权益，可以向公司人力资源部门或劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
• 对于公司：建议公司在制定加班规章制度时，充分征求员工的意见，确保规定既符合公司的经营需要，又不违反国家法律法规的强制性规定。同时，应加强对员工的宣传和培训，确保员工了解并遵守公司的加班规定。

法律依据：

• 《中华人民共和国劳动法》第四十一条规定：“用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。”
• 《中华人民共和国劳动法》第四十四条规定：“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：……（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。”虽然该条款未直接规定加班的计算方式，但强调了加班应支付高于正常工作时间工资的报酬，体现了法律法规对加班权益的保护。

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