针对您提出的“建设工程施工合同认定无效后竣工验收备案如何办理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，建设工程施工合同被认定无效后，其后续处理需依据工程是否验收合格以及能否修复等具体情况来综合判定。竣工验收备案作为工程交付使用前的重要环节，其办理流程也会受到合同无效这一事实的影响。
一、合同无效但工程验收合格的情况
折价补偿协商：
- 根据《民法典》第七百九十三条的规定，合同无效但工程验收合格的，承包人有权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。双方应就此进行协商，并尽量达成一致意见。
签订补充协议：
- 为确保双方权益得到法律保障，建议双方签订书面补充协议，明确折价补偿的金额、支付方式、支付时间等具体内容。
办理竣工验收备案：
- 在折价补偿事宜协商一致后，承包人可按照相关规定，准备竣工验收备案所需的材料，如工程竣工验收报告、工程质量评估报告等，并提交至相关部门进行备案。备案过程中，应如实说明合同无效的情况，并附上补充协议作为证明。
二、合同无效且工程验收不合格的情况
判断工程修复可能性：
- 首先需判断工程是否具备修复可能。若工程能够修复，则承包人应承担修复费用，并在合理期限内完成修复工作。
修复后验收与备案：
- 若承包人完成修复后，工程经竣工验收合格，则发包人应按约定支付工程价款。此时，承包人可按照正常流程办理竣工验收备案手续。
工程无法修复的情况：
- 若工程无法修复，则承包人应返还发包人已支付的款项或等值财产。对于无法返还的已完成部分工程，应根据双方过错程度及工程实际价值进行折价补偿。在此情况下，由于工程未验收合格，承包人可能无法直接办理竣工验收备案手续。但双方可协商处理已完成部分的备案问题，或根据法院判决、仲裁裁决等法律文书进行备案。
三、特别说明与建议
- 法律途径解决争议：若双方在处理过程中无法达成一致意见，或一方拒绝履行相关义务，可通过法律途径解决争议，包括向人民法院提起诉讼或申请仲裁机构进行裁决。
- 谨慎签订合同：为避免后续纠纷，双方在签订建设工程施工合同时应谨慎审查合同条款，确保合同内容合法有效。
- 咨询专业律师：由于建设工程施工合同无效后的处理涉及复杂的法律问题，建议双方在处理过程中咨询专业律师的意见，以确保处理结果的合法性和有效性。
综上所述，建设工程施工合同认定无效后竣工验收备案的办理需根据工程验收情况及合同双方的具体情况来综合判定。在处理过程中，双方应遵循相关法律法规和公平、合理的原则，协商处理相关事宜，并确保处理结果的合法性和有效性。