针对您的情况，首先明确结论：公司不能仅凭聊天记录作为证据追回工程款后，就否认您是公司员工并拒绝支付工资。您可以通过多种途径来维护自己的合法权益。
一、劳动关系确认
劳动合同：如果您与公司签订了书面劳动合同，那么劳动合同就是证明您与公司存在劳动关系的最直接证据。即使公司否认，您也可以凭借劳动合同向劳动争议仲裁委员会或法院主张您的权益。
其他证据：如果没有书面劳动合同，您还可以收集其他证据来证明劳动关系，如工资条、工作证、考勤记录、同事证言、公司内部文件等。这些证据可以形成证据链，证明您与公司之间存在事实劳动关系。
二、公司行为分析
聊天记录作为证据：公司使用您的聊天记录作为证据追回工程款，这本身并不构成否认您是公司员工的理由。聊天记录可能只是证明了您在公司工作期间参与了某些业务活动，但并不能直接证明或否定您的员工身份。
否认员工身份：公司否认您是公司员工，可能是为了逃避支付工资等法律责任。然而，这种否认需要基于充分的证据，否则将难以成立。
三、维权途径
劳动争议仲裁：您可以向当地的劳动争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求确认您与公司之间的劳动关系，并主张公司支付拖欠的工资。仲裁委员会将根据双方提供的证据进行裁决。
法律诉讼：如果对仲裁结果不满意，您还可以向法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明您的主张，包括证明劳动关系的证据和公司拖欠工资的证据。
投诉举报：您还可以向当地的劳动监察部门投诉举报公司的违法行为。劳动监察部门将依法进行调查处理，并可能对公司进行处罚。
四、注意事项
证据收集：在维权过程中，证据的收集至关重要。您需要尽可能收集与劳动关系和工资支付相关的所有证据，以便在仲裁或诉讼中证明您的主张。
法律程序：了解并遵循法律程序是维权成功的关键。您需要了解劳动争议仲裁和诉讼的流程、时限等规定，并按照规定进行操作。
专业咨询：如果您在维权过程中遇到困难或疑问，可以随时向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议和帮助。
最后，建议您尽快采取行动，收集证据并寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。