结论前置：工资没到5000元被扣税再退税的合法性，取决于个人的具体情况。在一般情况下，如果月工资薪金收入不超过5000元且没有其他综合所得，通常不会预缴个人所得税，也就不存在退税。但如果存在特殊情况，即使月薪未到5000元，也有可能涉及退税。
一、一般情况分析
- 个税起征点说明：根据中国的个人所得税法，每月工资薪金收入的起征点是5000元（年收入6万元）。如果月工资薪金收入不超过这个标准，并且没有其他综合所得（如劳务报酬、稿酬等），则通常不需要缴纳个人所得税，因此也就不存在退税的情况。
二、特殊情况分析
即使月薪未到5000元，在以下特殊情况下，仍有可能涉及退税：
多处收入或预缴税款：
- 如果除了月薪之外，还有其他综合所得收入，并且在取得这些收入时支付方进行了预扣预缴个人所得税，那么在年度汇算时，根据综合所得年收入额减除各项扣除后的余额，有可能产生退税。
扣除项目未足额享受：
- 如果纳税人有符合条件的专项附加扣除（如子女教育、继续教育等）在平时预扣预缴阶段没有申报扣除或没有足额申报扣除，年度汇算时可以补充申报，进而可能产生退税。
税收优惠政策或地区差异：
- 因年中就业、退职或其他原因导致税收优惠政策不一致，或者存在地区性税收差异，也可能产生退税的情况。
三、退税流程说明
- 每年3月至6月，个人可以登录国家税务总局官网或使用相关APP进行年度汇算清缴退税操作。
- 退税金额会根据个人的综合所得收入额、专项扣除、专项附加扣除以及其他依法确定的扣除项目进行计算。
四、关于工资未满5000元被扣税的情况
如果工资未满5000元却被扣税，可能的原因包括：
- 五险一金扣除后超过起征点。
- 存在多处收入或特殊收入来源。
- 计算错误或信息录入失误。
- 扣除项目未及时更新。
- 劳务报酬误按工资薪金计税。
对于这种情况，建议与单位财务部门沟通核实，并登录个人所得税APP查看并核实所有收入来源及明细。如确有问题，可及时更正并申请退税。
总结：工资没到5000元被扣税再退税的合法性取决于个人具体情况。在一般情况下，月薪未到5000元通常不会涉及退税。但在特殊情况下，如存在多处收入、扣除项目未足额享受等，仍有可能涉及退税。如遇到相关问题，建议仔细核对自己的收入和扣除信息，并与单位财务部门或税务机关沟通解决。