关于甲方是否可以直接给乙方工人发工资的问题，这确实是一个结合具体情境和法律法规来综合考量的问题。以下是我为您提供的详细分析：

一、法律层面的允许性

1. 《保障农民工工资支付条例》的规定：该条例并未明确禁止甲方直接向农民工支付工资，反而强调了保障农民工按时足额获得工资的权利。在特定情况下，比如用工管理不规范导致工资争议时，甲方直接支付工资可以作为解决纠纷的有效手段。

2. 合同约定优先原则：如果甲乙双方在施工合同中明确约定了由甲方代发工资，或者农民工书面同意由甲方直接支付工资，那么这种安排是具有法律效力的。但前提是合同内容必须不违反强制性法规，且农民工的权益得到充分保障。

二、实际操作中的可行性

1. 简化支付流程的优势：通过实名制管理系统，甲方可以直接将工资发放至农民工本人账户，这样可以减少中间环节，降低欠薪风险。这种做法尤其适用于分包单位管理混乱或存在资金挪用隐患的项目。

2. 潜在的管理挑战：甲方直接支付工资需要建立完整的考勤与工时记录体系，以准确核算每位农民工的应得报酬。同时，甲方还需要应对税务申报、社保缴纳等衍生问题，这对甲方的财务管理能力提出了更高的要求。

三、特殊场景下的必要性

1. 分包单位履约异常时：当分包方出现资金链断裂、恶意拖欠等行为时，甲方可以依据相关法规启动应急支付机制，通过专用账户直接清偿工资，以避免矛盾激化。

2. 政府监管介入情形：在住建部门查处欠薪案件时，如果依法要求甲方先行垫付被拖欠的工资，那么甲方直接支付工资既是法定义务，也是化解社会矛盾的必要举措。

总结与建议：

甲方直接给乙方工人发工资在法律上是允许的，但具体是否可行需要结合实际情况和合同约定来判断。如果甲乙双方有明确的合同约定，或者农民工书面同意由甲方直接支付工资，并且甲方具备相应的财务管理能力，那么这种做法是可行的。然而，在实际操作中，甲方需要建立完善的考勤与工时记录体系，并确保税务申报、社保缴纳等衍生问题得到妥善处理。

如果您作为甲方或乙方，在考虑是否采用甲方直接支付工资的方式时，建议详细审查合同条款，并咨询专业法律人士的意见，以确保双方的权益得到充分保障。