结论：因为健康证不合格而不发工资，这一行为是否违法，需根据具体情况来判断，但一般情况下，用人单位以此为由不发工资是违法的。
法律分析：
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这是用人单位的基本义务，不因劳动者的健康证是否合格而免除。
健康证与劳动关系：
- 健康证通常是某些特定行业或岗位对劳动者健康状况的一种要求，用于确保劳动者能够胜任工作并保障公共卫生安全。然而，健康证的不合格并不直接等同于劳动者不能提供劳动或不符合录用条件。
- 如果劳动者已经提供了劳动，且健康证的不合格并不影响其已经提供的劳动成果，那么用人单位应当支付相应的工资。
违法行为的认定：
- 如果用人单位仅因劳动者健康证不合格而拒绝支付工资，且没有其他合法理由（如劳动者严重违反公司规章制度、不能胜任工作等），那么这一行为很可能构成违法。
- 劳动者可以依据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，向劳动行政部门投诉，要求用人单位支付拖欠的工资报酬、经济补偿，并可以要求支付赔偿金。
建议与行动：
与用人单位协商：
- 首先，建议劳动者与用人单位进行沟通，了解其拒绝支付工资的具体原因，并尝试达成和解。如果健康证的不合格是暂时的，且劳动者能够尽快取得合格健康证，那么双方可以协商支付工资的时间和方式。
向劳动监察机构投诉：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察机构投诉。投诉时，请提供相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录以及健康证不合格的相关证明等，以证明劳动关系的存在和工资的拖欠情况。
提起劳动仲裁或诉讼：
- 如果劳动监察机构的处理结果仍不能解决问题，劳动者可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁或向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，请准备好相关证据和材料，并积极配合仲裁机构或法院的调查和审理工作。
后续思考：
- 劳动者在入职前应了解并遵守用人单位对健康证的要求，及时办理并更新健康证，以避免因健康证问题而引发的劳动纠纷。
- 用人单位在制定规章制度时，应明确健康证不合格的处理方式，并确保其符合法律法规的规定。同时，在处理此类问题时，应保持公正、合理，避免侵犯劳动者的合法权益。
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