当企业被员工举报偷税漏税时，这是一个严肃且需要依法处理的问题。以下是我为您详细梳理的处理流程和相关注意事项：
一、处理流程
接收举报：
- 税务部门会接收来自员工的举报，举报可以通过多种途径进行，如网上举报、电话举报、来信举报或来访举报。
- 举报时，员工应尽可能提供详细的税收违法行为线索和证明资料，以便税务部门能够准确、高效地处理。
审查举报：
- 税务部门在接收到举报后，会对举报内容进行审查。
- 如果举报内容详细、税收违法行为线索清楚、证明资料充分，税务部门会立即由稽查局立案检查。
- 如果举报内容与线索较明确但缺少必要证明资料，税务部门会由稽查局进行调查核实。
调查核实：
- 税务部门会根据举报线索，对企业的纳税情况进行全面、细致的调查。
- 调查过程中，税务部门可能会要求企业提供相关的纳税资料、账簿、凭证等，以便进行比对和核实。
处理结果：
- 如果调查发现企业确实存在偷税漏税行为，税务部门会依法对企业进行税务处理，如补缴税款、加收滞纳金、罚款等。
- 同时，税务部门还会将处理结果告知举报人，并根据相关规定对举报人进行奖励（如果举报人选择实名举报并提供了有效身份证明）。
办结时限：
- 根据《税收违法行为检举管理办法》的规定，举报中心应当在检举事项受理之日起十五个工作日内完成分级分类处理。
- 查处部门应当在收到举报中心转来的检举材料之日起三个月内办理完毕；案情复杂无法在期限内办理完毕的，可以延期。
二、注意事项
实名举报：
- 如果员工选择实名举报，应提供有效的身份证明复印件，如居民身份证等。
- 实名举报有助于税务部门更准确地联系举报人，及时反馈处理结果，并在符合规定的情况下给予奖励。
提供详细线索：
- 举报人在举报时应尽可能提供详细的税收违法行为线索和证明资料，如具体的偷税漏税行为、时间、金额、相关账簿或凭证等。
- 这有助于税务部门更快地立案检查，提高处理效率。
保护举报人权益：
- 税务部门会严格保护举报人的隐私和权益，不会泄露举报人的个人信息和举报内容。
- 如果举报人因举报行为受到打击报复或威胁，税务部门会依法予以保护和支持。
配合调查：
- 在调查过程中，企业应积极配合税务部门的工作，提供必要的纳税资料和账簿凭证等。
- 如果企业拒绝配合或提供虚假资料，税务部门将依法予以严肃处理。
综上所述，当企业被员工举报偷税漏税时，税务部门会依法进行调查处理，并根据调查结果对企业进行相应的税务处理。同时，税务部门也会保护举报人的权益和隐私，确保举报行为的合法性和有效性。