结论：公司安排员工长期上12小时的夜班，这一安排是否合法，需结合具体情况来判断，但一般情况下，若未经劳动行政部门批准且未支付相应加班费，则可能构成违法。

分析说明：

1. 工作时间规定：

   • 根据《劳动法》的相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。
   • 在您所描述的情况下，公司安排员工长期上12小时的夜班，显然超出了法定的工作时间限制，除非已经获得了劳动行政部门的特别批准，并且这种批准是基于特殊原因且符合相关法律法规的规定。

2. 加班费支付：

   • 如果公司确实需要员工加班，那么根据《劳动法》的规定，公司应当支付加班费。具体来说，工作日加班的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 若公司未支付相应的加班费，那么即使获得了劳动行政部门的批准，其安排员工长期加班的行为也可能因未履行支付加班费的义务而构成违法。

3. 劳动者健康权益：

   • 长期上夜班，尤其是12小时的夜班，可能对劳动者的身体健康造成不良影响。根据《劳动法》的规定，用人单位应当创造条件，改善集体福利，提高劳动者的福利待遇，包括合理安排工作时间和休息时间，以保障劳动者的身体健康。
   • 若公司未考虑劳动者的身体健康因素，强行安排长期夜班工作，可能因违反保护劳动者健康权益的规定而构成违法。

建议与行动：

• 与公司协商：首先，您可以尝试与公司进行协商，表达您对长期上夜班的不满和担忧，并要求公司调整工作时间或支付相应的加班费。
• 向劳动行政部门投诉：如果协商无果，您可以向当地的劳动行政部门投诉，反映公司安排长期夜班且未支付加班费的情况，请求劳动行政部门进行调查和处理。
• 寻求法律援助：在必要时，您可以寻求法律援助或咨询专业律师（如我），了解您的法律权益和可能的维权途径，包括提起劳动仲裁或诉讼等。

后续思考：

• 在处理此类问题时，除了关注工作时间和加班费支付外，还应关注公司是否提供了必要的劳动保护措施和健康检查等，以全面保障劳动者的权益。
• 同时，劳动者也应增强自我保护意识，了解自己的法律权益和维权途径，在遇到问题时及时采取行动维护自己的合法权益。

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