员工迟到了扣绩效奖金是否合法，需综合考虑多个因素，不能一概而论。以下是从不同角度进行的详细分析：

1. 依据公司合法有效的规章制度

   • 制定程序合法：公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度，如迟到扣款规定时，应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这是确保规章制度合法性的重要前提。
   • 内容合法合理：规章制度的内容不得违反法律法规，且扣除奖金的比例应与迟到的情节、频率相适应，避免显失公平。例如，单次迟到扣除奖金的比例一般不宜过高，频繁迟到可适当提高，但通常不应超过奖金总额的30%，同时需确保扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
   • 公示或告知：公司应将规章制度公示或明确告知员工，确保员工知晓相关规定。若员工不知情，公司以此为由扣款可能构成违法。

2. 结合劳动合同

   • 劳动合同中应明确员工迟到的处理方式和扣款标准，且这些规定需合理、合法，并经过员工同意。若合同中无相关规定或规定不明确，公司不能随意扣除奖金。

3. 考虑迟到的具体情况

   • 迟到时间长短：短暂迟到（如5-10分钟）与长时间迟到（如超过1小时）对工作的影响不同，扣款比例也应有所区别。
   • 迟到频率：偶尔迟到与频繁迟到对工作纪律的影响也不同，扣款时应考虑这一因素，确保扣款比例合理。

4. 扣款金额的合理性

   • 扣款金额应与员工迟到的严重程度相匹配，且不得超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%）。同时，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准，这是保障员工基本生活的重要原则。

5. 执行扣款的原则

   • 公司在执行扣款时应遵循公平、公正的原则，对同样的迟到情况应采取相同的处理方式，避免歧视或不公平现象。

若员工认为公司扣除奖金的行为不合理，可以采取以下措施：

• 首先与公司进行协商沟通，表达自己的诉求和理由。
• 若协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉，寻求行政部门的帮助。
• 还可以申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

示例说明： 假设某公司规定，员工单次迟到超过30分钟，将扣除当月绩效奖金的10%。若员工某月迟到一次且超过30分钟，公司按照此规定扣除了其绩效奖金的10%，且扣除后的工资不低于当地最低工资标准，同时该规定已通过合法程序制定并公示给员工，那么此扣款行为是合法的。反之，若公司未公示该规定，或扣除比例过高，或扣除后的工资低于最低工资标准，则可能构成违法。

综上所述，员工迟到扣绩效奖金的合法性需综合考虑公司规章制度、劳动合同、迟到具体情况以及扣款金额的合理性等多个因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。