针对您提出的“员工私留一部分营业款怎么处理”的问题，这是一个涉及企业财务管理和法律合规的重要议题。以下是我为您提供的详细处理指南：

一、立即启动证据收集程序

首先，企业需要迅速且全面地收集与私留营业款相关的所有证据。这包括但不限于交易记录（如销售凭证、银行流水、财务报表等）、监控录像（如果安装且能清晰展示员工行为）、员工陈述（包括涉事员工和其他目击员工的证词，需记录并核实其真实性）以及其他任何可能证明员工私留行为的文件或数据。证据的完整性和真实性对于后续的法律程序至关重要。

二、进行内部调查与法律咨询

1. 内部调查：基于收集到的证据，企业应立即展开内部调查，以确认私留行为是否确实发生，并评估其对公司造成的损失。

2. 法律咨询：同时，企业应咨询公司法务部门或外部专业律师，了解案件的法律性质、严重程度以及可能的法律后果。律师将能够提供专业的法律建议，指导企业如何根据法律法规和公司政策采取合适的行动。

三、根据情节轻重采取相应措施

1. 情节较轻时：

   • 内部处罚：根据公司规章制度，对涉事员工进行批评教育、警告、扣除绩效奖金、降职等处罚。这些措施旨在纠正员工行为，防止类似事件再次发生。
   • 协商解决：与员工就返还私留款项和赔偿公司损失进行协商，达成和解协议。这有助于快速解决问题，减少公司的经济损失。

2. 情节较重时：

   • 民事追偿：如果协商不成，企业可以向人民法院提起民事诉讼，要求员工返还私留款项并赔偿公司损失。法院将根据证据和法律规定作出判决。
   • 刑事控告：如果员工的行为构成职务侵占罪或挪用资金罪等刑事犯罪，企业应立即向公安机关报案，追究其刑事责任。在此过程中，企业需积极配合侦查工作，提供相关证据和线索。

四、保持冷静与公正

在处理此类事件时，企业必须保持冷静和公正，避免情绪化决策。所有处理措施都应基于充分证据，并符合当地法律法规和公司政策。这有助于降低法律风险，维护企业的声誉和形象。

五、加强预防与改进措施

1. 完善内部控制：企业应加强财务管理制度的建设和完善，加强监督机制，确保资金安全。例如，可以实施定期的财务审计和库存盘点等措施。

2. 提高法律意识：组织员工进行法律培训，增强员工的法律意识和职业道德水平。这有助于减少类似事件的发生，提高企业的整体合规性。

3. 建立举报机制：鼓励员工举报不当行为，建立匿名举报渠道和奖励机制。这有助于及时发现并处理问题，维护企业的正常运营秩序。

综上所述，员工私留营业款是企业必须严肃对待的问题。通过立即收集证据、进行内部调查与法律咨询、根据情节轻重采取相应措施、保持冷静与公正以及加强预防与改进措施等步骤，企业可以有效应对此类事件，维护自身权益，并促进企业的健康发展。