针对员工截留公司费用一万多的情况，公司可以采取以下措施来处理：

1. 内部调查与核实：

   • 首先，公司应成立一个内部调查小组，对该员工的行为进行详细调查，包括截留费用的具体金额、时间、方式等，并收集相关证据。
   • 核实该行为是否确实存在，以及是否涉及其他违规或违法行为。

2. 依据公司规章制度处理：

   • 如果公司规章制度中有明确规定员工不得截留公司费用，且对截留行为有相应的处罚措施，公司应依据规章制度对该员工进行相应的处罚，如警告、罚款、降职或解雇等。
   • 同时，公司应公开处理结果，以警示其他员工。

3. 法律途径追究责任：

   • 如果该员工的行为构成侵占公司财产或诈骗等违法行为，公司可以向公安机关报案，依法追究其刑事责任。
   • 同时，公司也可以考虑通过民事诉讼途径，要求该员工赔偿因其行为给公司造成的经济损失。

4. 完善公司管理制度：

   • 针对此次事件，公司应反思并检查自身管理制度是否存在漏洞，如财务审批流程、内部审计机制等。
   • 及时完善相关管理制度，加强内部控制，防止类似事件再次发生。

5. 加强员工教育与培训：

   • 公司应加强对员工的职业道德教育和法律法规培训，提高员工的法律意识和职业素养。
   • 通过定期的培训和教育活动，引导员工树立正确的价值观和职业操守。

在处理此类事件时，公司应确保处理过程的公正性和合法性，避免侵犯员工的合法权益。同时，也应注重维护公司的声誉和利益。如果你在处理过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。