针对您提出的问题，即犯罪嫌疑人面临两个控告但检察院只起诉了一个案件，另一个未判决的情况，这通常涉及刑事诉讼程序的独立性和检察院的起诉裁量权。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
刑事诉讼程序的独立性：
- 每个刑事案件都有其独立的诉讼程序。这意味着，即使犯罪嫌疑人涉及多个控告，每个控告都可能被视为一个独立的案件，需要分别进行侦查、审查起诉和审判。
- 检察院在审查起诉阶段，会根据案件的证据、事实和法律规定，决定是否对犯罪嫌疑人提起公诉。对于每个控告，检察院都会独立进行审查，并作出相应的决定。
检察院的起诉裁量权：
- 检察院在审查起诉时，拥有一定的裁量权。这包括决定是否起诉、起诉的罪名以及起诉的案件范围等。
- 如果检察院认为某个控告的证据不足或不符合起诉条件，它可能会选择不起诉该案件，而只对其他符合起诉条件的控告提起公诉。
未起诉案件的处理方式：
- 补充侦查：如果检察院认为未起诉的案件证据不足，但认为有必要进一步侦查的，可以退回公安机关补充侦查，或者自行侦查。补充侦查后，如果证据充分，检察院可能会再次提起公诉。
- 不起诉决定：如果检察院认为未起诉的案件不符合起诉条件，如证据不足、犯罪情节轻微等，它可能会作出不起诉决定。这意味着该案件将不会进入审判阶段。
- 分案处理：在某些情况下，检察院可能会将两个或多个控告分开处理，先对其中一个或几个提起公诉，而暂时不对其他控告作出决定。这可能是由于案件复杂、证据收集困难等原因造成的。
犯罪嫌疑人的权利与应对：
- 了解案件进展：犯罪嫌疑人有权了解自己案件的进展情况，包括检察院的起诉决定和未起诉案件的原因。
- 申请复议或申诉：如果犯罪嫌疑人对检察院的不起诉决定有异议，他可以向上一级检察院申请复议，或者向人民法院申诉。
- 准备辩护：对于已被起诉的案件，犯罪嫌疑人应积极准备辩护，包括收集证据、聘请律师等，以维护自己的合法权益。
针对您的情况，我建议您：
- 首先，与您的辩护律师沟通，了解检察院对两个控告的具体处理情况和原因。
- 如果您对检察院的不起诉决定有异议，可以考虑申请复议或申诉。
- 同时，对于已被起诉的案件，您应积极准备辩护，与律师共同制定辩护策略，以应对即将到来的审判。
最后，需要强调的是，每个刑事案件都有其独特性和复杂性。因此，在处理此类问题时，最好咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保障。如果您有任何进一步的法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。