结论：全责方已支付大部分维修费用，车主申请保险公司代位追偿时，保险公司是否会重新定损，需分情况讨论，具体如下：

1. 若保险公司认为原定损合理且无争议
   若原定损金额已覆盖实际损失，且保险公司认可维修项目、费用合理性（例如维修厂资质合规、配件价格符合市场标准），则通常不会重新定损。此时，保险公司可能直接依据原定损金额向全责方或其保险公司追偿剩余未支付部分（如存在差额）。

2. 若保险公司对原定损存在异议
   若保险公司认为原定损金额与实际损失不符（例如维修项目超出必要范围、配件价格虚高、维修工艺存在瑕疵等），或车主提供的维修发票、清单等证据不完整，保险公司可能启动重新定损程序。重新定损的目的是核实损失真实性及合理性，以确定最终追偿金额。

3. 若全责方已支付部分费用与定损金额不一致
   若全责方支付的金额与原定损金额存在差异（例如部分项目未维修、使用非原厂配件导致费用降低），保险公司可能要求车主补充说明情况，并视情况调整追偿策略。若差异涉及核心维修项目（如发动机、变速箱等），保险公司可能重新评估损失并定损。

法律依据与实务要点：
根据《保险法》第六十条，代位追偿的核心是保险公司取得车主对全责方的索赔权，其追偿范围以车主实际损失为限。因此，保险公司需确保定损金额与实际损失一致，以避免追偿时因金额争议被全责方抗辩。实务中，保险公司可能通过以下方式处理：

• 要求车主提供维修合同、发票、付款凭证等证据；
  
• 委托第三方机构对维修质量、费用合理性进行评估；
  
• 与全责方保险公司协商定损标准（若涉及交强险或商业三者险）。

建议：
若您面临此类情况，建议保留完整维修记录、沟通记录及付款凭证，并主动与保险公司沟通定损依据。若对保险公司处理结果有异议，可要求其出具书面说明，或通过行业调解、诉讼等途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。