公司持有土地使用证，在一般情况下是具有法律效力的，但这并不意味着它可以完全对抗客观事实及历史使用情况。以下从几个角度进行详细分析：

1. 土地使用证的法律效力：

   • 土地使用证是公司合法拥有土地使用权的法律凭证，它证明了公司对特定土地享有占有、使用、收益和有限处分的权利。在法律上，土地使用证具有较高的证明力，是处理土地权属争议的重要依据。

2. 客观事实及历史使用情况的影响：

   • 客观事实：如果存在与土地使用证记载内容不符的客观事实，如土地实际使用状况、边界争议等，这些事实可能对土地使用证的效力产生影响。例如，如果土地使用证上记载的土地范围与实际使用范围不符，或者存在他人长期实际使用该土地的情况，这可能引发权属争议。
   • 历史使用情况：土地的历史使用情况也是处理土地权属争议时需要考虑的重要因素。如果某块土地在历史上一直由特定主体使用，且这种使用具有连续性、公开性和无争议性，那么即使后来公司取得了土地使用证，也可能无法完全否定历史使用者的权益。

3. 法律原则与规定：

   • 诚实信用原则：在处理土地权属争议时，法院会遵循诚实信用原则，考虑各方当事人的实际行为和利益平衡。如果公司明知土地存在权属争议或历史使用情况，仍强行取得土地使用证并主张权益，可能面临法律上的不利后果。
   • 相关法律法规：根据《土地管理法》、《物权法》（现已被《民法典》物权编替代）等相关法律法规的规定，土地权属的确定应综合考虑多种因素，包括土地使用证、历史使用情况、实际占有状况等。因此，在处理土地权属争议时，不能仅凭土地使用证就一概而论。

4. 实际案例与司法实践：

   • 在司法实践中，法院在处理土地权属争议时，会综合考虑土地使用证、历史使用情况、实际占有状况等多种因素。如果存在与土地使用证记载内容不符的客观事实或历史使用情况，法院可能会根据具体情况对土地权属进行重新认定。

法律建议：

• 对于公司而言，在取得土地使用证后，应仔细核查土地的实际使用状况和历史使用情况，确保土地使用证的记载内容与实际情况相符。
• 如果发现土地存在权属争议或历史使用情况可能影响土地使用证的效力，公司应及时与相关方进行协商或寻求法律途径解决争议。
• 在处理土地权属争议时，公司应积极配合法院的调查和审理工作，提供充分的证据支持自己的主张。

可能面临的法律后果：

• 如果公司持有的土地使用证存在瑕疵或与实际情况不符，可能面临土地权属争议败诉的风险，导致土地使用权被撤销或变更。
• 如果公司明知土地存在权属争议或历史使用情况仍强行主张权益，可能构成侵权或欺诈等违法行为，面临法律上的不利后果和赔偿责任。

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