结论：员工是否会因此留下案底，取决于其在盗版书案件中的具体行为和所起的作用，以及司法机关的最终认定。
详细分析：
员工在案件中的角色与行为：
- 如果员工只是被老板雇佣，对盗版书的行为并不知情，或者虽然知情但并未直接参与盗版书的制作、销售等核心环节，那么员工可能不会被追究刑事责任，自然也就不会留下案底。
- 如果员工积极参与盗版书的制作、销售等行为，或者为老板提供资金、技术、运输等支持，那么员工就可能构成共同犯罪，需要承担相应的刑事责任。一旦被定罪，就会留下案底。
司法机关的认定：
- 司法机关在处理此类案件时，会综合考虑员工的具体行为、作用、主观故意等因素，来判定员工是否构成犯罪以及犯罪的轻重。
- 如果司法机关认为员工的行为不构成犯罪，或者情节轻微不需要追究刑事责任，那么员工就不会留下案底。
- 如果司法机关认为员工的行为构成犯罪，并且需要追究刑事责任，那么员工就会被定罪，并留下案底。
案底的影响：
- 案底是指个人因犯罪被司法机关处理后留下的记录，它会对个人的社会声誉、就业、升学等方面产生一定的影响。
- 一旦留下案底，就很难消除，因此员工应该尽量避免涉及任何违法犯罪行为。
法律建议：
- 如果员工被老板要求参与盗版书的行为，应该坚决拒绝，并及时向相关部门举报。
- 如果员工已经被抓去问话，应该如实陈述自己的情况，不要隐瞒或谎报。
- 如果员工担心自己可能涉及犯罪，可以寻求专业律师的帮助，了解自己的法律权益和义务。
后续行动：
- 员工可以关注案件的进展情况，了解司法机关的认定结果。
- 如果员工被认定不构成犯罪或情节轻微不需要追究刑事责任，那么可以放心地继续正常生活和工作。
- 如果员工被认定构成犯罪并需要追究刑事责任，那么应该积极配合司法机关的工作，接受相应的处罚，并努力改正自己的错误。
总之，员工是否会因老板做盗版书被抓而留下案底，取决于其在案件中的具体行为和所起的作用，以及司法机关的最终认定。如果有任何疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据具体情况给出更详细的法律建议。