员工在特定情况下有权拒绝综合计算工时工作制，特别是当该制度未经协商一致、违反法律规定或侵害其合法权益时。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律基础与原则
协商一致原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制度的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。但这一变更必须基于用人单位与劳动者的协商一致。因此，如果用人单位未经协商，单方面要求员工实行综合计算工时工作制，员工有权拒绝。
保障劳动者权益原则：
- 劳动法旨在保护劳动者的合法权益，包括合理的休息时间和劳动报酬。如果综合计算工时工作制的实施可能侵犯劳动者的休息权或健康权，劳动者有权基于自身权益的考虑拒绝此制度。
二、综合计算工时工作制的定义与特点
- 定义：综合计算工时工作制是一种因工作性质特殊或受季节、自然条件限制，需在一段时间内连续作业，并以周、月、季、年为周期综合计算工作时间的工时制度。
- 特点：它允许在特定周期内某一天或某一周的工作时间超过标准工时，但整个周期内的平均工作时间应符合法定标准。然而，这并不意味着用人单位可以随意安排工作时间，仍需遵守相关法律法规，保障劳动者的合法权益。
三、员工拒绝的权利与途径
协商与沟通：
- 如果员工对综合计算工时工作制持有异议，应首先与雇主进行有效沟通，尝试寻求双方都能接受的解决方案。这有助于维护和谐的劳动关系，避免不必要的法律纠纷。
法律途径：
- 若协商无果，员工有权向劳动仲裁机构申诉，以解决争议。在申诉过程中，员工应提供充分证据支持自己的立场，如工作记录、加班记录等。
- 如果用人单位未经协商擅自实行综合计算工时工作制，或违反相关法律法规侵害劳动者权益，员工不仅有权拒绝签署相关协议，还可能要求获得相应的赔偿。
关注加班规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要延长工作时间的，需与工会和劳动者协商，且一般每日不得超过一小时；特殊原因下延长工作时间每日不得超过三小时，每月不得超过三十六小时。员工应关注自己的加班时间是否符合这一规定，如果用人单位违反规定安排加班，员工有权拒绝。
四、实际应用中的考虑
合法合理的情况：
- 在某些特殊行业和工作岗位中，由于生产经营的特殊性，确实需要实行综合计算工时工作制，并且该制度已经过劳动行政部门的批准。同时，用人单位能够合理安排劳动者的工作和休息时间，确保劳动者的合法权益不受侵害。在这种情况下，员工可能需要配合企业实行综合计算工时工作制。
不合理或侵害权益的情况：
- 如果用人单位未经批准擅自实行综合计算工时工作制，或在实行过程中存在不合理安排工作时间、不支付相应加班工资等侵害劳动者权益的情况，员工可以明确拒绝，并通过法律途径维护自己的合法权益。
总结与建议：
员工在面对综合计算工时工作制时，应首先了解自己的权利和义务，以及相关法律法规的规定。如果用人单位未经协商擅自实行该制度，或违反相关法律法规侵害劳动者权益，员工有权拒绝并寻求法律途径维护自己的合法权益。同时，我也建议员工在遇到类似问题时，及时与我沟通，以便获得更具体、更专业的法律建议。