结论前置：当检察院以证据不足为由作出不予起诉决定时，被害人是有权选择自诉的。这一做法有明确的法律依据，并且为被害人提供了在刑事诉讼中维护自身权益的途径。
法律依据与原则
检察院不起诉的法律依据：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条第四款，对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这一规定体现了法律对证据充分性的严格要求，也是检察院在审查起诉阶段的重要职责。
自诉的法律依据：
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第二百一十条规定，被害人有证据证明对被告人侵犯自己人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或者人民检察院不予追究被告人刑事责任的案件，属于自诉案件的范围。这为被害人提供了在检察院不予起诉后，通过自诉途径追究被告人刑事责任的法律基础。
具体程序与操作指南
准备自诉材料：
- 自诉状：被害人需要撰写刑事自诉状，详细写明自诉人、被告人的个人信息，诉讼请求，以及事实和理由等。特别要阐述检察院不起诉的情况及自己主张被告人有罪的证据和依据。
- 证据材料：收集能证明被告人犯罪事实的相关证据，如医疗诊断证明、目击证人证言、物证等。即使检察院认为证据不足，自诉人也应尽力提交所有支持其诉求的证据。
向有管辖权的人民法院提起自诉：
- 自诉人应将准备好的自诉材料提交给有管辖权的人民法院立案庭。一般由犯罪地的人民法院管辖，或由被告人居住地的人民法院管辖（若更为适宜）。
法院审查与受理：
- 法院会对自诉材料进行形式和实质审查，判断是否符合受理条件。若符合条件，法院将予以受理并立案；若不符合，可能会要求补充材料或裁定不予受理。
实践中的注意事项与建议
证据收集的充分性：
- 在检察院已认为证据不足的情况下，自诉人收集证据可能面临挑战。因此，自诉人应尽可能全面地收集证据，包括但不限于物证、书证、证人证言等，以形成完整的证据链。
法律途径的选择：
- 除了提起自诉外，被害人还有权向上一级人民检察院申诉。自诉人应根据具体情况选择合适的法律途径，必要时可咨询法律专业人士以获取专业建议。例如，如果自诉人认为检察院的不起诉决定存在错误，且掌握了一定的新证据，那么向上一级人民检察院申诉可能是一个更好的选择。
合理确定诉讼请求：
- 自诉人在提起自诉前应充分评估所掌握的证据，合理确定诉讼请求和主张。避免盲目起诉或提出不切实际的诉讼请求，以免浪费司法资源和时间。
可能的法律后果
- 如果法院认为自诉人的证据确实、充分，且符合起诉条件，那么法院将依法受理案件并进行了审理。在审理过程中，如果被告人被认定有罪，那么将受到相应的刑事处罚。
- 如果法院认为自诉人的证据不足或不符合起诉条件，那么法院将裁定不予受理或驳回起诉。此时，自诉人可以考虑其他法律途径来维护自己的权益，如向上一级人民法院上诉或寻求其他法律救济。
综上所述，当检察院以证据不足为由作出不予起诉决定时，被害人是有权选择自诉的。但这一过程需要被害人充分了解相关法律规定，准备好充分的证据材料，并在必要时寻求法律专业人士的帮助以确保自身权益得到有效维护。如果你在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。