在行政诉讼案件中，当证据掌握在被告手中时，原告获取这些证据以及整个证据收集过程都有明确的法律依据。以下是对此问题的详细解答：
一、被告的举证责任
首先，需要明确的是，在行政诉讼中，被告（通常是行政机关）对作出的行政行为负有举证责任。这是根据《中华人民共和国行政诉讼法》第三十四条的规定，即“被告对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件”。这意味着，如果被告无法提供充分的证据来支持其行政行为的合法性，那么将可能面临败诉的风险。
二、被告收集证据的限制
在诉讼过程中，被告及其诉讼代理人不得自行向原告、第三人和证人收集证据。这是《中华人民共和国行政诉讼法》第三十五条的明确规定。这一限制旨在防止被告在诉讼过程中通过不当手段获取证据，从而确保诉讼的公正性和公平性。
三、原告获取被告手中证据的途径
法院调取证据：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，人民法院有权向有关行政机关及其他组织、公民调取证据。虽然法院不得为证明行政行为的合法性调取被告未收集的证据，但在原告或第三人提出申请，并能提供确切线索时，法院可以调取特定证据材料。这是原告获取被告手中证据的一种重要途径。
原告或第三人申请调取证据：
- 根据《最高人民法院关于行政诉讼证据若干问题的规定》第二十三条，原告或第三人不能自行收集但能提供确切线索时，可申请法院调取特定证据材料。这要求原告或第三人需要提供一定的线索，如证据的存放地点、保管人等信息，以便法院能够准确地调取到相关证据。
四、证据提交与审查
证据提交时间：
- 原告或第三人应在开庭审理前或法院指定的交换证据之日提供证据。如果因正当事由无法按时提供，可以申请延期提供，但需经法院准许。这是为了确保诉讼的顺利进行和证据的及时提交。
证据审查：
- 所有证据都应在法庭上出示，并由当事人互相质证。法院应按照法定程序全面、客观地审查核实证据，确保证据的真实性和合法性。非法手段取得的证据不得作为认定案件事实的根据。这是保障诉讼公正性和公平性的重要环节。
五、实际操作建议
- 及时申请调取证据：如果原告认为被告手中掌握有关键证据，应及时向法院提出调取证据的申请，并提供确切的线索。
- 积极配合法院调查：在法院调取证据的过程中，原告应积极配合，提供必要的协助和信息。
- 充分准备质证材料：在证据提交和审查阶段，原告应充分准备质证材料，对被告提供的证据进行有力的反驳和质疑。
综上所述，行政诉讼中当证据掌握在被告手中时，原告可以通过法院调取证据或申请调取证据的方式来获取这些证据。同时，原告也应积极配合法院的调查和审查工作，确保诉讼的顺利进行和案件的公正裁决。