结论：入职三年后，一般情况下用人单位不会再主动查询员工的案底，但这并非绝对，具体取决于用人单位的管理需求、岗位性质以及相关法律法规的要求。以下从多个角度为你详细分析：

一、用人单位的常规做法

1. 入职时查询：在员工入职时，许多用人单位会进行背景调查，包括查询员工的案底情况，以确保员工符合岗位的任职要求和公司的用人标准。这是用人单位在招聘过程中的一项常规操作。

2. 入职后查询：入职后，用人单位通常不会主动再次查询员工的案底，除非有特定的原因或需求。例如，员工晋升到需要更高安全标准的岗位，或者公司因业务需要、法律法规要求等必须进行再次查询。

二、特定情况下的查询

1. 岗位性质要求：对于某些特定岗位，如涉及国家安全、金融安全、公共安全等敏感领域，用人单位可能会根据相关法律法规的要求，定期或不定期地对员工进行背景调查，包括查询案底。这是为了确保员工始终符合岗位的安全要求。

2. 公司内部规定：有些公司可能出于内部管理、风险控制等考虑，会制定相关规定要求定期对员工进行背景调查。这种情况下，即使员工已经入职多年，也可能面临再次查询案底的情况。

3. 法律法规变化：如果相关法律法规发生变化，要求用人单位对特定岗位或所有员工进行定期背景调查，那么用人单位也会根据法律法规的要求进行查询。

三、法律层面的考量

1. 隐私权保护：在查询员工案底时，用人单位必须遵守相关法律法规关于隐私权保护的规定。未经员工同意，用人单位不得擅自查询、泄露员工的个人信息和隐私。

2. 合法合规查询：如果用人单位需要查询员工的案底，应当通过合法合规的途径进行，如与公安机关合作、委托专业机构进行背景调查等。同时，用人单位应当确保查询结果的准确性和可靠性，避免因查询不当而引发法律纠纷。

四、建议与提醒

1. 了解公司政策：作为员工，你可以了解公司的相关政策和规定，明确公司是否会在入职后再次查询案底以及查询的具体条件和程序。

2. 保护个人隐私：在面对用人单位的查询要求时，你可以要求用人单位出示合法的查询依据和程序，并保护好自己的个人隐私和信息安全。

3. 咨询法律意见：如果你对用人单位的查询行为存在疑虑或担忧，可以向我咨询法律意见，了解自己的权益和义务以及可能的法律后果。

总之，入职三年后用人单位是否会查询案底取决于多种因素。作为员工，你应当了解自己的权益和义务，并在必要时寻求法律帮助。如果你有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。