结论：员工自离，公司不肯在三天内结清工资，这种做法是否违法需分情况讨论。一般情况下，若员工因个人原因自动离职，公司应在解除或终止劳动合同时一次性付清工资，但“三天内”并非法定强制期限；若公司存在恶意拖欠工资等违法行为，则可能面临法律责任。
一、法律规定及解读
根据《工资支付暂行规定》第九条：“劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。”这一条款明确了在劳动关系解除或终止时，公司有义务一次性付清员工的工资。然而，该条款并未明确规定“一次性付清”的具体时间节点，即并未明确要求必须在“三天内”结清。
二、不同情况下的分析
员工因个人原因自动离职
- 在这种情况下，员工未按照法定程序或公司规定提前通知公司即离职，可能给公司带来一定的损失或不便。但即便如此，公司仍需在解除或终止劳动合同时一次性付清员工的工资。
- 如果公司以员工自离为由拒绝支付工资或拖延支付，这种做法可能构成违法。员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。
公司存在恶意拖欠工资等违法行为
- 如果公司不仅未在解除或终止劳动合同时一次性付清工资，还存在恶意拖欠、克扣工资等违法行为，那么这种做法显然违反了相关法律法规。
- 员工在这种情况下不仅可以要求公司支付拖欠的工资，还可以根据《劳动合同法》等相关法律法规的规定，要求公司支付经济补偿金或赔偿金。
三、建议与措施
与公司协商
- 员工可以尝试与公司进行协商，明确工资支付的时间节点和方式，以达成双方都能接受的解决方案。
向劳动监察部门投诉
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉公司的违法行为。劳动监察部门将依法进行调查处理，并可能对公司进行处罚。
申请劳动仲裁
- 员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付拖欠的工资及可能的赔偿金。劳动仲裁机构将依法进行裁决，并保障员工的合法权益。
四、注意事项
- 员工在离职时，应尽量按照法定程序或公司规定提前通知公司，并办理好离职手续，以避免不必要的纠纷。
- 公司在处理员工离职时，也应遵守相关法律法规的规定，及时、足额地支付员工的工资，以维护良好的劳动关系。
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