跨地区运输烟草的处罚需根据是否取得合法运输许可、运输数量及行为性质综合判定，具体处罚如下：

1. 无证运输（核心违法情形）
   根据《中华人民共和国烟草专卖法》第二十九条及《烟草专卖法实施条例》第五十二条，未取得烟草专卖品准运证擅自跨地区运输烟草专卖品的，由烟草专卖行政主管部门没收违法运输的烟草专卖品和违法所得，并处以罚款：

   • 一般情形：按违法运输烟草专卖品价值的20%-50%罚款；
     
   • 情节严重（如多次违法、运输数量巨大、抗拒检查等）：罚款比例可提升至50%-100%，并可能被责令停业整顿或吊销烟草专卖零售许可证。
     注：若运输的是真品卷烟但无证，仍属违法；若运输假烟或走私烟，可能同时触犯《刑法》第一百五十三条走私普通货物罪，面临刑事处罚。

2. 超量运输（持证但违规）
   即使持有准运证，若运输的烟草专卖品数量超过准运证规定范围，烟草专卖行政主管部门可没收超量部分，并对超量部分按市场批发价格的70%收购（实际为变相罚款）。

3. 特殊情形处理

   • 个人携带少量自用：根据《国家烟草专卖局关于规范异地携带卷烟管理的通知》，个人跨地（市）携带卷烟的最高限量为每人次1万支（50条），超量部分需按无证运输处理；
     
   • 邮寄/快递限制：邮寄、异地携带烟叶、烟草制品的，不得超过国务院有关主管部门规定的限量（通常为2条），超量部分同样适用无证运输处罚。

关键提醒：

• 处罚主体为烟草专卖行政主管部门（如烟草局），但若运输行为涉及暴力抗法、伪造证件等，可能移交公安机关追究刑事责任；
  
• 行政处罚决定书会明确载明违法事实、处罚依据及救济途径（如申请行政复议或提起行政诉讼的期限）；
  
• 若对处罚有异议，需在收到决定书后60日内申请复议或6个月内直接起诉，逾期将丧失救济权利。

建议：跨地区运输烟草前，务必向当地烟草专卖局申请准运证，并严格核对运输数量、路线及有效期。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。