物流企业违法运输烟草的处罚需根据具体违法情形确定，以下是详细分析：

1. 无烟草专卖品准运证运输烟草专卖品
   根据《中华人民共和国烟草专卖法》第二十一条及《烟草专卖法实施条例》第三十四条，未取得烟草专卖品准运证运输烟草的，由烟草专卖行政主管部门处以没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。若同时违反其他规定（如伪造、变造准运证），还将面临更严厉的行政处罚，包括但不限于罚款或停业整顿。

2. 运输数量超过规定标准
   若运输的烟草数量超过个人异地携带限量（如卷烟超过100条），或企业无合法经营资质运输大量烟草，可能被认定为非法经营行为。根据《刑法》第二百二十五条，情节严重的可处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处违法所得一倍以上五倍以下罚金或没收财产。

3. 运输假烟或走私烟
   若运输的烟草为假冒注册商标或走私进口的，可能同时触犯《刑法》第一百四十条（生产、销售伪劣产品罪）或第一百五十三条（走私普通货物、物品罪）。处罚包括：

• 销售金额5万元以上不满20万元的，处二年以下有期徒刑或拘役，并处或单处销售金额50%以上二倍以下罚金；
  
• 销售金额200万元以上的，处十五年有期徒刑或无期徒刑，并处销售金额50%以上二倍以下罚金或没收财产。
  若涉及走私，还需根据偷逃应缴税额的数额承担相应刑事责任。

1. 其他关联违法情形
   若物流企业在运输过程中存在伪造、买卖、出租、出借准运证等行为，或与托运人串通逃避监管，可能被认定为共同违法或犯罪，需承担连带责任。此外，若运输行为导致国家税收损失，还可能面临税务行政处罚。

建议：物流企业应严格审核托运人资质及货物合法性，避免涉及烟草运输业务（除非取得专项许可）。若已发生违法运输，需立即停止行为并配合调查，主动退还违法所得或上缴货物，以争取从轻处理。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性方案。