关于农村自建房自愿用来抵债是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我为您详细分析的合法与不合法的情况：
一、合法的情况
房屋产权清晰且无纠纷：
- 首先，农村自建房的产权必须明确归属于债务人，且不存在任何产权争议或法律纠纷。这是进行协议抵债的基础前提。
- 债务人与债权人双方需要自愿达成以房抵债的书面协议，协议中应详细写明债务的清偿方式、房屋权属转移等关键条款。
- 协议内容必须遵守国家法律法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
符合宅基地管理规定：
- 农村宅基地具有特殊性，其流转受到严格限制。因此，在以房抵债的过程中，必须严格遵守当地宅基地管理的相关规定。
- 受让人（即债权人）需要符合宅基地申请条件，比如为本集体经济组织成员、无宅基地或符合分户后申请宅基地的条件等。
- 协议必须经过必要的审批程序，如获得村集体的同意、在相关部门进行备案等，以确保协议的合法性和有效性。
二、不合法的情况
产权存在问题：
- 如果农村自建房的产权归属不明确，或者存在多个共有人但仅有部分共有人参与签订协议，且未获得其他共有人的同意，那么该协议可能因无权处分而无效。
- 例如，若房屋为家庭共有财产，但仅由户主一人与债权人签订抵债协议，其他家庭成员并未参与也未表示同意，那么此协议可能不具备法律效力。
违反宅基地流转规定：
- 农村宅基地一般仅限于本集体经济组织成员之间流转。如果债权人为非本集体经济组织成员，那么这种以房抵债的协议可能因违反宅基地流转的强制性规定而无效。
- 特别需要注意的是，城镇居民不能取得农村宅基地使用权，因此以农村自建房抵债给城镇居民的协议将无法得到法律支持。
存在欺诈、胁迫等情形：
- 在签订以房抵债协议的过程中，如果存在一方欺诈、胁迫另一方等导致意思表示不真实的情况，那么受损方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。
- 一旦协议被撤销，则自始无效，双方需恢复到协议签订前的状态。
总结与建议：
农村自建房协议抵债的合法性取决于多种因素的综合考量。在决定采取此种方式前，我建议您务必咨询当地的法律专业人士或相关政府部门，以确保协议的合法性和有效性。这样可以避免后续可能出现的法律风险和经济损失，保障您的合法权益。