单位根据末位淘汰而扣工资的做法是不合法的，你有权要求单位补发被扣的工资。以下从几个方面为你详细分析：
法律背景
末位淘汰制的合法性：末位淘汰制本身并非法律明确禁止的管理手段，但单位不能仅因员工处于末位就单方面解除劳动合同或扣减工资。根据《劳动合同法》的相关规定，单位解除劳动合同必须基于法定事由，如员工严重违反规章制度、不能胜任工作且经过培训或调岗后仍不能胜任等。而末位并不等同于不能胜任工作，因此单位不能仅凭末位就采取不利措施。
工资扣减的合法性：工资是员工提供劳动后应得的报酬，单位不得随意扣减。除非存在法定扣减情形（如员工因个人原因给单位造成经济损失、违反规章制度等），且扣减金额需符合法律规定和劳动合同约定，否则单位无权扣减员工工资。末位淘汰制并不属于法定扣减工资的情形。
法律建议
与单位协商：首先，你可以尝试与单位进行沟通，明确表达你对末位淘汰制扣工资的不满，并要求单位补发被扣的工资。在协商过程中，你可以引用相关法律法规，增强自己的说服力。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对单位的违法行为进行调查和处理，并可以要求单位补发工资、支付赔偿金等。
申请劳动仲裁：如果投诉仍未解决问题，你可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，仲裁委员会会根据事实和法律作出裁决，维护你的合法权益。
可能的法律后果
单位被责令补发工资：如果劳动监察部门或劳动仲裁委员会认定单位的做法违法，单位将被责令补发你被扣的工资，并可能需要支付额外的赔偿金。
单位声誉受损：单位的违法行为可能会对其声誉造成负面影响，影响其在市场上的竞争力和员工招聘。
你获得法律支持：通过法律途径维护自己的权益，你不仅可以获得应得的工资，还可以增强自己的法律意识和维权能力。
总结来说，单位根据末位淘汰而扣工资的做法是不合法的，你有权要求单位补发被扣的工资。如果单位拒绝补发，你可以通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。