结论：股东会决议超过80%同意，但有20%的股东不同意，在符合法定程序和公司章程规定的情况下，通常可以完成工商变更。不过，具体能否完成工商变更，还需结合决议内容、公司章程以及相关法律法规进行综合判断。以下从多个角度进行详细分析：
一、法定程序与股东会决议的效力
法定程序要求：
- 根据《公司法》及相关规定，股东会决议的作出需遵循法定程序，包括会议的召集、通知、表决等。若决议程序合法，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，则决议具有法律效力。
- 在本题中，若股东会决议的作出程序符合法律规定，且得到了超过80%股东的同意，那么该决议在程序上通常是有效的。
决议内容的合法性：
- 决议内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得损害公司、股东或债权人的利益。
- 若决议内容涉及工商变更，如公司名称变更、注册资本变更、经营范围变更等，需确保这些变更符合相关法律法规的规定。
二、公司章程的特别规定
公司章程的约束力：
- 公司章程是公司内部的“宪法”，对股东、董事、监事等具有约束力。若公司章程对股东会决议的表决程序、通过比例等有特别规定，则需遵循这些规定。
- 在本题中，若公司章程规定工商变更需得到更高比例的股东同意（如90%或更高），则即使股东会决议得到了超过80%股东的同意，也可能无法完成工商变更。
公司章程的修改：
- 若公司章程的规定与法律法规相冲突，或阻碍了公司正常运营和股东权益的实现，股东可以通过合法程序修改公司章程。
- 修改公司章程需遵循法定程序，通常需得到代表三分之二以上表决权的股东通过。
三、工商变更的具体要求
提交材料的真实性、合法性：
- 申请工商变更时，需提交一系列材料，包括股东会决议、公司章程修正案等。这些材料必须真实、合法，且符合工商部门的要求。
- 若提交的材料存在虚假或违法情况，工商部门将不予受理或驳回申请。
工商部门的审查：
- 工商部门在收到申请后，会对提交的材料进行审查。审查内容包括决议的合法性、公司章程的符合性等。
- 若审查通过，工商部门将办理变更登记手续；若审查不通过，将告知申请人原因并要求补正材料或重新提交申请。
四、不同情况下的处理建议
决议程序合法且内容合法：
- 若股东会决议程序合法，内容合法，且符合公司章程的规定，那么可以按照工商部门的要求提交材料并申请变更登记。
公司章程有特别规定：
- 若公司章程对工商变更的表决程序或通过比例有特别规定，且该规定高于法定要求，那么需先修改公司章程或得到更高比例的股东同意后再申请变更登记。
遇到工商部门审查不通过：
- 若工商部门审查不通过，需根据审查意见补正材料或重新提交申请。若对审查意见有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
建议：在处理此类问题时，建议公司先仔细审查股东会决议的程序和内容是否合法合规，同时检查公司章程是否有特别规定。如有需要，可以咨询专业律师或工商部门以获取更具体的指导和帮助。若您在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。