结论前置：基本工资不包含加班费，两者在法律上是明确区分且独立核算的。以下从法律规定、性质差异、实际案例及操作建议四个角度为您详细分析：

一、法律规定：加班费与基本工资独立核算

1. 《关于工资总额组成的规定》
   明确工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资六部分组成。加班费是独立于基本工资之外的法定组成部分，用人单位不得将加班费计入基本工资以规避支付义务。

2. 《劳动法》第四十四条
   规定加班费的支付标准：

   • 延长工作时间：不低于工资的150%；
     
   • 休息日加班且不能补休：不低于工资的200%；
     
   • 法定节假日加班：不低于工资的300%。
     计算基数为“劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准”，即基本工资，而非包含加班费的总额。

二、性质差异：基本工资保障生活，加班费补偿额外劳动

三、实际案例：法院如何认定“基本工资包含加班费”的条款？

案例背景：某公司劳动合同约定“月薪5000元（含加班费）”，员工实际每月加班40小时，公司未额外支付加班费。员工离职后申请劳动仲裁，要求补发加班费差额。
法院判决：

1. 认定劳动合同中“基本工资包含加班费”的条款无效，因违反《劳动合同法》第二十六条（用人单位免除法定责任、排除劳动者权利的条款无效）。
   
2. 要求公司以基本工资5000元为基数，按法定标准补发加班费差额（约12000元）。
   法律依据：
   

• 《劳动合同法》第二十六条：违反法律、行政法规强制性规定的劳动合同条款无效。
  
• 《劳动法》第四十四条：加班费需“另外计算”，不得并入基本工资。

四、操作建议：劳动者如何维护自身权益？

1. 审查劳动合同：

   • 确保合同中分别列明基本工资、绩效工资、加班费等构成项，避免“打包工资”模糊表述。
     
   • 若合同约定“基本工资包含加班费”，可要求公司修改或向劳动监察部门投诉。

2. 保留证据：

   • 保存考勤记录、工资条、加班审批单等证据，证明实际加班时长。
     
   • 注意区分“应发工资”与“实发工资”，确保加班费计算基数清晰。

3. 维权途径：

   • 若公司未足额支付加班费，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，主张补发差额及经济补偿。
     
   • 仲裁时效为知道权利受侵害之日起一年，建议及时行动。

五、企业合规建议：避免法律风险

1. 明确工资结构：在劳动合同中分别列明基本工资、加班费、奖金等项目，避免混淆。
   
2. 规范加班管理：建立加班审批制度，确保加班事实可追溯，避免“被加班”纠纷。
   
3. 定期自查：委托律师或人力资源专家审核工资支付制度，确保符合《劳动法》《劳动合同法》等法规要求。

总结：基本工资与加班费在法律上严格区分，用人单位不得通过合同条款或实际操作将加班费计入基本工资。劳动者应了解自身权益，及时维权；企业应合规管理，避免法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。