结论：工作两年多没转正，是否可以申请补齐工资差额部分，需视具体情况而定，主要取决于劳动合同的约定以及未转正的原因。以下从不同角度进行分析：
一、劳动合同有明确约定试用期及转正后工资的情况
若试用期超过法定时长：
- 根据《劳动合同法》的规定，劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
- 如果您的劳动合同期限与试用期不匹配，例如合同期限为两年但试用期约定为六个月以上，那么超出法定时长的试用期部分应视为无效，您有权要求公司按照转正后的工资标准补齐差额。
若试用期未超法定时长但未按时转正：
- 如果试用期未超过法定时长，但公司未按照合同约定在试用期满后为您办理转正手续，且继续按照试用期工资标准支付工资，那么您有权要求公司补齐转正后的工资差额。
- 计算公式（假设试用期工资为X，转正后工资为Y，未转正月数为N）：应补齐工资差额 = (Y - X) × N
二、劳动合同未明确约定转正后工资或约定不明的情况
若公司存在过错：
- 如果公司未按照法律规定或合同约定为您办理转正手续，且未明确告知转正后工资标准，导致您无法获得应有的工资待遇，您有权要求公司参照同岗位员工的工资标准或公司平均工资水平补齐工资差额。
若双方协商无果：
- 在这种情况下，您可能需要通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。劳动仲裁机构或法院会根据实际情况，包括您的实际工作表现、公司同岗位员工的工资水平等因素，来裁决公司是否应补齐工资差额以及补齐的具体数额。
三、特殊情况下的考虑
公司规章制度或劳动合同中的特殊条款：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中有关于试用期转正及工资支付的特殊条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么这些条款将作为处理此类纠纷的依据。因此，在申请补齐工资差额前，您应仔细审查相关条款。
您的实际工作表现：
- 虽然未按时转正可能主要是公司的责任，但您的实际工作表现也可能成为影响裁决结果的因素之一。如果您的表现未达到公司规定的转正标准，那么公司可能有权拒绝为您办理转正手续并支付转正后的工资。然而，这并不意味着公司可以无限期地延长试用期或降低您的工资标准。
建议：
- 首先，与公司进行协商，明确转正时间及工资标准，并要求公司补齐工资差额。
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在整个过程中，保留好相关证据，如劳动合同、工资条、工作记录等，以便在需要时提供证明。
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