核心结论：对于餐饮店兼职员工上厕所时间过长的问题，不能直接进行处罚，但可以通过合理的管理措施来解决，具体如下：

1. 明确规章制度：

   • 餐饮店应制定明确的员工规章制度，其中应包括关于工作时间内上厕所的时间限制或合理范围的规定。这样的规定需要合理且人性化，考虑到员工的生理需求。
   • 规章制度应经过员工签字确认或公示，确保员工知晓并同意遵守。

2. 沟通与教育：

   • 如果发现某员工上厕所时间过长，首先应与该员工进行沟通，了解其具体情况，是否存在健康问题或其他特殊原因。
   • 通过沟通，向员工解释规章制度的重要性，以及长时间上厕所对工作和其他员工可能产生的影响。
   • 提供必要的健康建议或帮助，如果员工确实存在健康问题，可以建议其就医或提供其他适当的支持。

3. 合理调整工作安排：

   • 如果员工因生理原因需要更频繁或更长时间的上厕所，餐饮店可以考虑合理调整其工作安排，如安排其在工作相对轻松或不需要长时间站立的岗位。
   • 也可以考虑增加员工的休息时间，以便其有更多机会处理个人事务。

4. 纪律处分（作为最后手段）：

   • 如果员工无视规章制度，长时间上厕所且无正当理由，严重影响了工作效率或其他员工的工作，餐饮店可以考虑给予纪律处分。
   • 纪律处分应依据规章制度的明确规定进行，且应确保处分决定合法、合理、公正。处分可能包括口头警告、书面警告、扣减奖金、解雇等，具体取决于违规的严重程度和公司的政策。

5. 法律合规性：

   • 在处理此类问题时，餐饮店必须确保所有措施都符合当地劳动法律法规的要求。
   • 不得因员工上厕所时间过长而非法解雇或歧视员工，否则可能面临法律诉讼和赔偿。