若餐饮店操作区与厕所未进行有效隔离，违反了食品安全相关法律法规，一般会面临责令改正、警告以及罚款等处罚。具体分析如下：
法律依据与违规认定：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》第三十三条第一款第六项规定，食品经营场所应保持清洁，并具备与生产经营的食品品种、数量相适应的食品原料处理和食品加工、包装、贮存等场所，且该场所应与有毒、有害场所以及其他污染源保持规定的距离。操作区与厕所未隔离或距离过近，可能被认定为“污染源距离不符合规定”。
- 若厕所位于操作区内或未独立封闭，导致异味、细菌等污染食品，则直接违反《食品安全法》中关于“防止交叉污染”的要求。
处罚措施与程序：
- 责令改正：监管部门会首先要求餐饮店限期整改，如重新规划操作区与厕所的布局、加装隔离设施或迁移厕所位置。
- 警告：对情节较轻的违规行为，可能先给予书面或口头警告，并记录在案。
- 罚款：若拒不整改或情节严重（如导致食品安全事故），可处以罚款。根据《食品安全法》第一百二十六条，罚款幅度通常为五千元以上五万元以下；若涉及重大违法行为，罚款金额可能更高。
- 其他措施：严重违规可能导致停业整顿、吊销许可证，甚至追究刑事责任（如构成生产、销售不符合安全标准的食品罪）。
实际执法中的考量因素：
- 违规程度：厕所与操作区的距离、是否独立封闭、是否存在实际污染等是关键判断标准。
- 整改态度：主动配合整改的餐饮店可能从轻处理，拒不整改或反复违规的会加重处罚。
- 后果影响：若因操作区与厕所混用导致食品污染或消费者健康受损，处罚会更严厉。
建议：若您是餐饮店经营者，应立即检查操作区与厕所的布局，确保符合卫生标准；若您是消费者或监管人员发现此类问题，可向当地市场监管部门举报，并保留证据（如照片、视频）以便执法调查。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律适用或应对策略。