结论：管理办法中规定考核合格的扣除绩效是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从劳动合同和规章制度的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 如果用人单位的管理办法中关于考核合格扣除绩效的规定，未经上述民主程序制定，或者未向劳动者公示、告知，那么该规定可能因程序违法而不具有法律效力，用人单位据此扣除绩效可能构成违法。

2. 从绩效考核的合理性和公平性的角度：

   • 绩效考核应当遵循公平、公正、公开的原则，考核标准应当明确、具体、可量化，且应当与劳动者的工作内容、岗位职责等紧密相关。
   • 如果用人单位的考核标准模糊不清、主观随意性强，或者考核过程存在不公平、不公正的情况，导致劳动者即使考核合格也被扣除绩效，那么这种扣除行为可能缺乏合理性，劳动者有权提出异议。

3. 从绩效工资的性质和约定的角度：

   • 绩效工资是劳动者工资的组成部分，其发放应当与劳动者的工作绩效挂钩。但是，绩效工资的具体数额和发放方式应当由用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定。
   • 如果劳动合同中明确约定了绩效工资的发放条件和标准，且用人单位的管理办法与劳动合同约定一致，那么用人单位在劳动者考核合格的情况下扣除绩效可能构成违约行为（如果扣除行为违反了劳动合同中的明确约定）。然而，如果劳动合同中未明确约定绩效工资的发放条件和标准，或者约定了用人单位有权根据考核情况调整绩效工资，那么用人单位的管理办法可能具有一定的合法性基础。但即便如此，用人单位的扣除行为也应当合理、公正，且不得违反法律法规的强制性规定。

建议：

• 对于劳动者而言，如果认为用人单位的管理办法中关于考核合格扣除绩效的规定不合法或不合理，可以先与用人单位进行协商沟通，要求用人单位说明扣除绩效的依据和理由。
• 如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者依法申请劳动仲裁、提起诉讼来维护自己的合法权益。
• 对于用人单位而言，应当确保管理办法的制定程序合法、内容合理且公平公正，并向劳动者进行公示和告知。同时，在绩效考核过程中应当遵循客观、公正的原则，确保考核结果的准确性和可信度。

可能后果：

• 如果用人单位的管理办法违法或不合理，且被劳动监察部门或劳动仲裁机构认定，那么用人单位可能需要承担补发绩效工资、支付经济补偿金等法律责任。
• 如果劳动者的投诉或诉讼得到支持，那么用人单位的声誉和形象也可能受到一定影响。

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